UBF CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-400521

Übersicht

UBTF kodiert den upstream binding transcription factor (UBF), ein DNA-bindendes Protein mit HMG-Box (High-Mobility-Group), das für die RNA-Polymerase‑I‑abhängige Transkription ribosomaler DNA essenziell ist. UBF hilft bei der Organisation des rDNA-Chromatins, fördert die Bildung des Pol‑I‑Präinitiationskomplexes und unterstützt die nukleoläre Struktur sowie die Ribosomenbiogenese; dadurch ist es mit der Kontrolle des Zellwachstums und der Proteostase verknüpft. Über seine Rolle in der Signalgebung bei nukleolärem Stress und die Koordination mit Zellzyklus- sowie DNA-Schadensantwort‑Signalwegen kann eine veränderte UBTF/UBF‑Aktivität Proliferation und Genomstabilität beeinflussen. Eine Dysregulation der Pol‑I‑Transkription und der Nukleolusfunktion ist ein wiederkehrendes Merkmal der Krebsbiologie und wurde zudem in Zusammenhängen neuroentwicklungsbedingter und neurodegenerativer Erkrankungen beschrieben.

Das UBF CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des UBTF-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des UBTF-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von UBTF nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die UBF-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von UBTF-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der UBF-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf UBTF-Exone abzielen, die für die UBF-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere UBTF-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom UBF CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom UBF CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des UBTF-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das UBF HDR-Plasmid (h) und UBF HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von UBTF-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten UBTF-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.