BAT1 CRISPR Activation Plasmid (h): sc-403785-ACT

DDX39B kodiert BAT1, eine ATP-abhängige RNA-Helikase aus der DEAD-Box-Familie, die am Spleißen von prä-mRNA, am Export von mRNA sowie am umfassenderen RNA-Stoffwechsel im Zellkern beteiligt ist. BAT1 wurde mit der Regulation entzündlicher Signalwege in Verbindung gebracht, unter anderem durch Modulation der Expression von Zytokin-Genen und durch Interaktionen mit angeborenen Immunwegen, was seine Rolle bei der Koordination transkriptioneller Outputs mit der RNA-Prozessierung widerspiegelt. Als Gen in der MHC-Klasse-III-Region wurde DDX39B im Kontext immunbezogener genetischer Variation sowie der Anfälligkeit für entzündliche und autoimmune Phänotypen untersucht. Eine Dysregulation von BAT1-assoziierten RNA-Prozessierungsnetzwerken kann Zellzustandsprogramme wie Proliferation und Stressantworten beeinflussen und ist damit für mechanistische Studien zur Kontrolle der Genexpression relevant.

BAT1 Das CRISPR-Aktivierungsplasmid (h) bietet einen gezielten, nicht-destruktiven Ansatz zur Hochregulierung der endogenen DDX39B-Expression, ohne die zugrunde liegende DNA-Sequenz zu verändern.

BAT1 Das CRISPR-Aktivierungsplasmid (h) ist ein aus drei Plasmiden bestehendes synergistisches Aktivierungsmediator-System (SAM), das für eine hocheffiziente, ortsspezifische transkriptionelle Hochregulation des DDX39B-Lokus in menschlichen Zelllinien entwickelt wurde. Das System basiert auf einem katalytisch inaktiven Cas9 (dCas9), das zwei inaktivierende Mutationen (D10A und N863A) trägt, welche die Nukleaseaktivität eliminieren, während die DNA-Bindung erhalten bleibt. Dieses dCas9 ist mit VP64, einem potenten Transkriptionsaktivator, fusioniert und wird zusammen mit einem Blasticidin-Resistenzgen zur Selektion koexprimiert. Das zweite Plasmid kodiert das MS2-p65-HSF1-Fusionsprotein, einen sekundären Aktivatorkomplex, der zusammen mit dCas9-VP64 wirkt, sowie ein Hygromycin-Resistenzgen. Das dritte Plasmid kodiert für eine zielspezifische 20-nt-sgRNA, die an zwei MS2-RNA-Aptamere fusioniert ist, welche den MS2-p65-HSF1-Komplex an die Aktivierungsstelle rekrutieren, begleitet von einem Puromycin-Resistenzgen. Die drei Plasmide werden im Massenverhältnis 1:1:1 verabreicht, um eine ausgewogene Expression aller Systemkomponenten zu gewährleisten.

Nach der Assemblierung am Zielort bindet der SAM-Komplex etwa 200 bp stromaufwärts der DDX39B-Transkriptionsstartstelle, wo VP64, p65 und HSF1 gemeinsam die Transkriptionsmaschinerie rekrutieren und die Hochregulation der endogenen BAT1-Expression vorantreiben. Im Gegensatz zu nukleaseaktivem Cas9 verursacht dCas9 keine Doppelstrangbrüche und verändert die genomische Sequenz nicht, wodurch der native DDX39B-Locus erhalten bleibt und die Untersuchung von BAT1-abhängigen Transkriptionsreaktionen am endogenen Locus ermöglicht wird. Dies macht es zu einem wertvollen Werkzeug für Funktionsstudien, die Identifizierung von Zielgenen und die Modellierung der Wiederherstellung des BAT1-Signalwegs in Tumorzellen mit stillgelegtem oder reduziertem DDX39B-Ausdruck.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.