Chemische Inhibitoren von TRIM64C behindern die Rolle des Proteins in verschiedenen Proteinabbaupfaden, indem sie auf die Mechanismen abzielen, durch die es funktioniert. MG132, Lactacystin, Bortezomib und Epoxomicin sind allesamt Inhibitoren, die direkt auf das Proteasom einwirken, einen Komplex, der für den Abbau von Proteinen verantwortlich ist, die zur Zerstörung markiert wurden, häufig durch Ubiquitinierung, ein Prozess, an dem TRIM64C beteiligt ist. MG132 ist ein Peptidaldehyd, der das Proteasom reversibel hemmt, während Lactacystin irreversibel an die katalytische Untereinheit des Proteasoms bindet und eine dauerhaftere Hemmung bewirkt. Bortezomib, eine Dipeptid-Boronsäure, zielt spezifisch auf das 26S-Proteasom ab, und Epoxomicin hemmt selektiv die Chymotrypsin-ähnliche Aktivität des Proteasoms. Jeder dieser Inhibitoren führt zu einer Anhäufung von Proteinen, die TRIM64C für den Abbau markiert hat, wodurch die Funktion von TRIM64C im proteasomalen Abbauweg effektiv behindert wird.
Neben den proteasomalen Inhibitoren gibt es weitere Chemikalien, die auf verschiedene Aspekte der Proteinabbauwege abzielen, an denen TRIM64C beteiligt ist. Chloroquin und Bafilomycin A1 stören beide den lysosomalen Abbau, wobei Chloroquin den pH-Wert innerhalb der Lysosomen erhöht und Bafilomycin A1 die vakuoläre H+-ATPase (V-ATPase) hemmt, die für die lysosomale Ansäuerung verantwortlich ist. In ähnlicher Weise hemmt auch Concanamycin A die V-ATPase. E64 und Leupeptin dienen als Inhibitoren von Cystein- bzw. Serinproteasen, wobei E64 ein irreversibler Inhibitor ist, der die Spaltung von Proteinen nach der Ubiquitinierung durch TRIM64C blockieren könnte. 3-Methyladenin hemmt die Autophagie, indem es die Bildung von Autophagosomen verhindert, ein Prozess, der für den Abbau von TRIM64C-markierten Proteinen genutzt werden kann. ALLN, der Calpain-Inhibitor I, hemmt die Funktion der Calpain-Proteasen, die möglicherweise am Abbau der TRIM64C-Substrate beteiligt sind. Z-VAD-FMK schließlich ist ein Breitspektrum-Caspase-Inhibitor, der die Funktion von Caspasen, Enzymen, die möglicherweise am Abbau von Proteinen während der Apoptose beteiligt sind, behindern kann.
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