Syntaxin-11-Aktivatoren wirken weitgehend durch Modulation der intrazellulären Signale und Prozesse, die die Aktivität von Syntaxin 11 beeinflussen. Viele dieser Aktivatoren sind an Wegen beteiligt, die den Vesikeltransport und die Fusion beeinflussen, eine Schlüsselrolle von Syntaxin 11.
So modulieren beispielsweise Thapsigargin, Nifedipin und BAPTA-AM den Kalziumspiegel, von dem bekannt ist, dass er die Rolle von Syntaxin 11 bei der kalziumabhängigen Exozytose beeinflusst. Ein weiterer gemeinsamer Mechanismus dieser Aktivatoren ist die Modulation der Kinaseaktivität. Forskolin, PMA, Staurosporin und die PI3K-Inhibitoren Wortmannin und LY294002 beeinflussen alle die Aktivität von Syntaxin 11 durch ihre Wirkung auf Proteinkinasen. Diese Kinasen können Syntaxin 11 oder andere am Exozytoseprozess beteiligte Proteine phosphorylieren und so die Aktivität von Syntaxin 11 beeinflussen. Darüber hinaus beeinflussen Aktivatoren wie 1-Butanol und Calmidazoliumchlorid die Aktivität von Syntaxin 11, indem sie die Lipidsignalisierung bzw. die Calmodulin-Aktivität modulieren, die weitere Schlüsselkomponenten des Exozytoseprozesses sind.
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