Mot1-Inhibitoren sind Chemikalien, die entweder die funktionelle Aktivität von Mot1 direkt beeinflussen oder Signalereignisse beeinflussen, die zu seiner Hemmung führen. Wortmannin und LY294002 sind PI3K-Inhibitoren, die indirekt die ATPase-Aktivität von Mot1 beeinflussen können, indem sie die ATP-Produktion in der Zelle verringern. Dies ist auf die Rolle der PI3K in dem Signalweg zurückzuführen, der die zelluläre ATP-Produktion fördert. Trifluoperazin und Verapamil hingegen beeinflussen die Kalzium-Signalübertragung in der Zelle. Trifluoperazin tut dies durch Hemmung von Calmodulin, Verapamil durch Blockierung von Kalziumkanälen. Diese Veränderungen der Kalzium-Signalübertragung können sich indirekt auf die ATPase-Aktivität von Mot1 auswirken, da bekannt ist, dass Kalzium-Ionen diese Aktivität beeinflussen.
2-Desoxy-D-Glucose, Thapsigargin, Nigericin, Oligomycin A, Monensin, Valinomycin, Azid und FCCP sind weitere Inhibitoren, die die ATPase-Aktivität von Mot1 durch Beeinflussung der ATP-Produktion in der Zelle beeinflussen können. 2-Desoxy-D-Glucose hemmt die Glykolyse, Thapsigargin hemmt die SERCA-Pumpe, Nigericin und Valinomycin sind Ionophore, die den Ionengradienten an der Mitochondrienmembran stören, Oligomycin A hemmt die ATP-Synthase, Azid hemmt die Cytochrom-C-Oxidase und FCCP entkoppelt die oxidative Phosphorylierung.
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