Forskolin, ein Diterpen, wirkt direkt auf die Adenylylcyclase ein und katalysiert einen Anstieg des intrazellulären cAMP-Spiegels, eines sekundären Botenstoffs mit der Fähigkeit, PKA zu aktivieren, ein Enzym mit breiter Substratspezifität, das möglicherweise zahlreiche Proteine und deren Funktionen verändert. In ähnlicher Weise hält IBMX erhöhte cAMP- und cGMP-Spiegel aufrecht, wodurch die Aktivität der von diesen Botenstoffen abhängigen Signalwege aufrechterhalten oder verstärkt wird. Polyphenole wie Epigallocatechingallat üben ihren Einfluss durch antioxidative Eigenschaften aus, die sich auf Signalkaskaden auswirken und potenziell die zelluläre Umgebung stabilisieren, was wiederum die Proteinfunktion beeinflussen kann. Histon-Deacetylase-Inhibitoren, wie Natriumbutyrat, bauen Chromatin um und verschieben Genexpressionsmuster, eine Wirkung, die sich auch auf die Regulierung von Proteinen wie MGC33894 erstrecken könnte. Curcumin greift in den Kern von Transkriptionswegen wie NF-κB ein und könnte dadurch eine Veränderung der Proteinexpression und -aktivität bewirken.
Retinsäure und 1,25-Dihydroxyvitamin D3 steuern durch Bindung an ihre jeweiligen Kernrezeptoren umfangreiche Gennetzwerke, die die Expression und Funktion einer ganzen Reihe von Proteinen neu kalibrieren könnten. Dexamethason steuert über Glukokortikoidrezeptoren eine Neuprogrammierung der Genexpression, die sich auf Immun- und Entzündungsproteine auswirkt. Kinaseinhibitoren wie PD98059 und LY294002 nehmen eine Feinabstimmung von Signalwegen wie MAPK/ERK bzw. PI3K/AKT vor, was weitreichende Auswirkungen auf die Proteinaktivität haben kann. Rapamycin, ein mTOR-Inhibitor, dient als Hauptregulator des Zellwachstums und -stoffwechsels, was Auswirkungen auf die Regulierung der Proteinaktivität hat. Staurosporin, ein prototypischer Kinaseinhibitor, hat die Fähigkeit, Signalkaskaden zu modulieren, was sich auf ein breites Spektrum von Proteinaktivitäten auswirkt.
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