Forskolin wirkt als Katalysator für die Adenylatzyklase und erhöht dadurch den cAMP-Spiegel, der wiederum Proteine aktivieren kann, die auf diesen Botenstoff reagieren. PMA aktiviert die Proteinkinase C, ein Enzym mit einer breiten Palette von Proteinsubstraten, was sich möglicherweise auf phosphorylierungsabhängige Regulationsmechanismen auswirkt. Kalzium-Ionophore wie Ionomycin bieten einen Weg zur Erhöhung des intrazellulären Kalziums, eines zentralen Ions in zahlreichen Signalkaskaden, und wirken sich möglicherweise auf kalziumbindende Proteine aus.
Rapamycin, ein bekannter mTOR-Inhibitor, regt autophagische Prozesse an, die sich auf Proteine auswirken könnten, die auf diesem Weg abgebaut oder recycelt werden. Inhibitoren wie SB203580, LY294002, U0126 und SP600125 zielen selektiv auf Schlüsselkinasen innerhalb der MAPK-, PI3K/Akt-, MEK- und JNK-Signalwege ab und verändern dadurch den Phosphorylierungsstatus und die daraus resultierende Aktivität von Proteinen, die eng mit diesen Wegen verbunden sind. Epigenetische Modulatoren üben ihren Einfluss auf die Genexpression aus; Trichostatin A hemmt Histondeacetylasen, während 5-Azacytidin auf DNA-Methyltransferasen abzielt, was jeweils zu einer veränderten Transkription und Hochregulierung verschiedener Proteine führen kann. Resveratrol und Curcumin greifen in die Sirtuin- und NF-κB-Signalwege ein, die für zelluläre Stressreaktionen und Entzündungen von zentraler Bedeutung sind, und modulieren so die entsprechenden Proteinaktivitäten.
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