LY294002 und Rapamycin sind gezielte Ansätze zur Unterbrechung bestimmter Signalwege. LY294002 hemmt PI3K und beeinflusst damit den AKT-Signalweg, einen zentralen Signalweg für das Überleben und die Vermehrung von Zellen. Rapamycin hingegen greift in den mTOR-Signalweg ein, einen entscheidenden Regulator des Zellwachstums, und beeinflusst damit nachgeschaltete Proteine, die an der Reaktion der Zelle auf Nährstoffe und den Energiestatus beteiligt sind. Die epigenetische Landschaft wird durch Wirkstoffe wie Trichostatin A geformt, das durch die Hemmung von Histondeacetylasen zu Veränderungen der Genexpression führen kann, die zahlreiche Proteine und ihre Funktionen beeinflussen. Diese Veränderung der Chromatinstruktur ist ein wirksames Mittel zur indirekten Modulation der Proteinaktivität.
PD98059, SP600125, U0126 und SB203580 zielen auf MAP-Kinase-Signalwege ab, die Signale weiterleiten, die für die Zelldifferenzierung und für Stressreaktionen wichtig sind. Diese Inhibitoren dämpfen die MAPK/ERK- und JNK-Signalwege sowie den entzündungsfördernden p38-MAP-Kinase-Signalweg und beeinflussen damit Proteine, die über diese Wege reguliert werden. Proteasom-Inhibitoren wie MG132 und Bortezomib erhöhen die Proteinkonzentrationen, indem sie deren Abbau verhindern, ein Prozess, der zu erheblichen Veränderungen der Zellfunktionen führen kann, da sich Proteine ansammeln, die normalerweise durch einen geregelten Abbau in Schach gehalten werden. Dasatinib und Sorafenib bewirken als Hemmstoffe der Src- bzw. RAF-Kinasen Veränderungen in kinasegesteuerten Signalnetzwerken, die sich auf die Zellproliferation und das Überleben auswirken. Die Auswirkungen dieser Inhibitoren gehen über ihre unmittelbaren Ziele hinaus und beeinflussen möglicherweise die Aktivitäten verschiedener Proteine innerhalb dieser Signalwege.
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