Die chemische Klasse der potenziellen TAF1D-Aktivatoren besteht in erster Linie aus Verbindungen, die die Transkriptionsregulation beeinflussen, insbesondere die Aktivität der RNA-Polymerase I und die Chromatinstruktur. Diese Aktivatoren wirken über verschiedene Mechanismen, wie die Interkalation in die DNA, die Hemmung der Transkriptionsinitiierung und die Veränderung der Chromatinstruktur. So könnten beispielsweise Triptolide und Actinomycin D, die beide für ihre starke Wirkung auf die RNA-Polymerase bekannt sind, indirekt die Aktivität von TAF1D im RNA-Polymerase-I-Komplex modulieren. In ähnlicher Weise greifen epigenetische Modifikatoren wie JQ1, RGFP966, Vorinostat und Trichostatin A in die Chromatinstruktur und die Histonmodifikationsprozesse ein, die für die Transkriptionsregulation von entscheidender Bedeutung sind. Durch die Veränderung der Chromatinlandschaft können diese Verbindungen indirekt die Transkription ribosomaler RNA-Gene beeinflussen, bei der TAF1D eine wichtige Rolle spielt.
Darüber hinaus spiegelt der Einsatz von Inhibitoren wie DRB, der auf die RNA-Polymerase II abzielt, und C646, einem p300/CBP-Histon-Acetyltransferase-Inhibitor, das komplexe Zusammenspiel zwischen verschiedenen Transkriptionsprozessen und das Potenzial für Überschneidungen zwischen RNA-Polymerase-Komplexen wider. Die Inhibitoren BIX-01294 und MLL1 erweitern diese Klasse, indem sie auf Histon-Methyltransferasen abzielen, was auf die verschiedenen Mechanismen hinweist, durch die die Transkriptionsregulierung moduliert werden kann, wodurch die Aktivität von TAF1D indirekt beeinflusst wird.
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