Chemische Inhibitoren von INO80B umfassen eine Vielzahl von Verbindungen, die seine Rolle bei der Chromatinumstrukturierung beeinträchtigen. Trichostatin A beispielsweise hemmt Histon-Deacetylasen, was zur Aufrechterhaltung von acetylierten Histonen führt. Diese Veränderung des Histon-Acetylierungsstatus kann INO80B daran hindern, die Chromatinstruktur wirksam zu verändern. In ähnlicher Weise stellt die Fähigkeit von Chloroquin, sich in DNA und RNA zu interkalieren, ein strukturelles Hindernis für DNA-abhängige Enzyme wie INO80B dar und schränkt seine Interaktion mit dem Chromatinsubstrat ein. Verbindungen wie Nocodazol, das die Mikrotubuli-Polymerisation behindert, wirken sich indirekt auf INO80B aus, da das Protein an der Chromosomentrennung während der Mitose beteiligt ist - ein Prozess, der von den Mikrotubuli abhängt.
Darüber hinaus könnte die Hemmung von Cyclin-abhängigen Kinasen durch DRB, die für die Progression des Zellzyklus entscheidend ist, indirekt die mit dem Zellzyklus verbundene Aktivität von INO80B zur Umgestaltung des Chromatins einschränken. Etoposid und Camptothecin, die DNA-Topoisomerase-Komplexe stabilisieren, führen zu DNA-Brüchen und folglich zu einem Eingriff in die zelluläre Reparaturmaschinerie. Dieser Eingriff kann zu einer indirekten Hemmung der Chromatinumbau-Funktionen von INO80B führen. In der Zwischenzeit können Mimosin und Aphidicolin eine Unterbrechung der DNA-Replikation bewirken, einer Phase, an der INO80B aktiv beteiligt ist, und damit indirekt seine Aktivität einschränken. Koffein hemmt DNA-Reparaturenzyme und schränkt damit möglicherweise die DNA-Reparaturwege ein, auf denen INO80B aktiv ist. Die Hemmung der Translationsinitiation durch Rocaglamid kann auch die Verfügbarkeit wesentlicher Proteine einschränken, die für die Funktion von INO80B erforderlich sind. Schließlich kann MG132 durch die Hemmung des Proteasoms den Kreislauf und die Versorgung mit Histonen stören, die für die INO80B-vermittelte Chromatinumstrukturierung entscheidend sind, was eine weitere indirekte Methode der Hemmung darstellt. Jede dieser Verbindungen kann durch ihre unterschiedlichen Mechanismen die Fähigkeit von INO80B beeinflussen, seine Rolle bei der Veränderung der Chromatinstruktur und -funktion wahrzunehmen.
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