Chemische Inhibitoren von Gemin6 können verschiedene biologische Prozesse und Wege behindern, die für seine Aktivität innerhalb der Zelle wesentlich sind. Leptomycin B hemmt zum Beispiel CRM1/Exportin 1, das für den Kernexport von snRNP-Komponenten entscheidend ist. Da Gemin6 Teil des SMN-Komplexes ist, der am snRNP-Aufbau beteiligt ist, kann die Hemmung des Kernexports durch Leptomycin B zu einer indirekten funktionellen Hemmung von Gemin6 führen. Ebenso kann die Störung der Aktin- und Mikrotubuli-Dynamik durch Chemikalien wie Phalloidin und Nocodazol zu einer Beeinträchtigung des Transports und der Lokalisierung des SMN-Komplexes führen und damit die Funktion von Gemin6 behindern. Phalloidin stabilisiert F-Actin, was aktinabhängige Trafficking-Prozesse beeinträchtigen kann, während Nocodazol die Mikrotubuli-Polymerisation unterbricht, was sich auf die ordnungsgemäße Lokalisierung des SMN-Komplexes auswirkt.
Darüber hinaus können Verbindungen wie Bisphenol A, das sich an Östrogenrezeptoren bindet und endokrine Funktionen wie die Regulierung des Kerntransports und den Aufbau von snRNPs stört, zu einer Störung der Funktion des SMN-Komplexes führen und damit indirekt Gemin6 hemmen. Auf molekularer Ebene hemmen Chemikalien wie Aurintricarbonsäure Nukleasen, was die RNA-Verarbeitung und -Reifung, an der Gemin6 beteiligt ist, beeinträchtigen kann. In ähnlicher Weise können Transkriptions- und RNA-Synthesehemmer wie Daunorubicin, Triptolid, Actinomycin D und α-Amanitin zu einer Verringerung der Produktion von snRNAs führen, die für die Rolle von Gemin6 wesentlich sind, und damit indirekt seine Funktion hemmen. Brefeldin A stört die Funktionen des Golgi-Apparats, beeinträchtigt den Proteinverkehr und hemmt möglicherweise Gemin6. MG132, ein Proteasom-Inhibitor, kann Gemin6 indirekt hemmen, indem er die Anhäufung fehlgefalteter Proteine verursacht und die zelluläre Maschinerie, zu der es gehört, überlastet. Latrunculin A schließlich unterbricht die Aktinpolymerisation und kann durch Beeinträchtigung des aktinabhängigen zellulären Transports und der Lokalisierung indirekt die Funktion von Gemin6 im SMN-Komplex hemmen.
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