Cyclosporin A und FK506 binden bekanntermaßen an Immunophiline, zu denen auch FKBP15 gehört, und ihre Bindung aktiviert bekanntermaßen die diesen Proteinen innewohnende Peptidyl-Prolyl-Isomerase-Aktivität. Rapamycin bildet einen Komplex mit FKBP-Proteinen und beeinflusst nachweislich den mTOR-Signalweg, einen zentralen Regulator des Zellwachstums und -stoffwechsels, an dem FKBP15 beteiligt sein kann. In ähnlicher Weise könnte Pimecrolimus durch Wechselwirkung mit FKBP-Proteinen die Aktivität von FKBP15 bei der zellulären Signalübertragung verstärken.
Verbindungen wie 1-Hydroxypyridin-2-thion-Zinksalz und Ionomycin können FKBP15 beeinflussen, indem sie die Homöostase von Metallionen bzw. Kalzium verändern. Veränderungen der Metallionenkonzentration oder des Kalziumflusses innerhalb der Zelle können weitreichende Auswirkungen auf zahlreiche Signalwege haben, und die Aktivität von FKBP15 könnte dadurch moduliert werden. Adenosin-3',5'-cyclisches Monophosphat und 8-Brom-cAMP sind Analoga von cAMP, die PKA aktivieren können, wodurch Substrate phosphoryliert und Signalwege verändert werden können, was sich möglicherweise auf die regulatorischen Funktionen von FKBP15 auswirkt. Forskolin, das den cAMP-Spiegel erhöht, zielt ebenfalls auf dieselben Signalwege ab, was möglicherweise zu Veränderungen der FKBP15-Aktivität führt. Thapsigargin unterbricht die Kalziumeinlagerung und beeinflusst dadurch kalziumabhängige Signalwege, was sich auf die Funktion von FKBP15 in der Zelle auswirken könnte. LY294002 und PD98059 zielen auf die PI3K/Akt- bzw. MAPK/ERK-Signalwege ab und könnten durch die Veränderung der Phosphorylierungszustände innerhalb dieser Wege die Aktivität von FKBP15 verändern.
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