Proteine der FAM90A-Familie spielen aufgrund ihrer Sequenzhomologie zu anderen Kernproteinen vermutlich eine Rolle im Zellkern, was darauf hindeutet, dass FAM90A20 an der Chromatindynamik, der Transkriptionsregulation oder der DNA-Reparatur beteiligt sein könnte. Es ist möglich, dass FAM90A20 an dem komplizierten Netzwerk von Protein-Protein-Interaktionen beteiligt ist, die die Chromatinarchitektur und die Genexpression steuern.
Aufgrund der konservierten Natur seiner Sequenzen könnte FAM90A20 an kritischen zellulären Prozessen wie dem Zellzyklus, der zellulären Differenzierung oder der Apoptose beteiligt sein. Es könnte über Bindungsdomänen verfügen, die es ihm ermöglichen, mit spezifischen Transkriptionsfaktoren oder anderen Kernproteinen zu interagieren und so die Genexpression als Reaktion auf physiologische oder umweltbedingte Stimuli zu modulieren. Während die genaue Rolle von FAM90A20 noch charakterisiert werden muss, könnten unterschiedliche Expressionsmuster in verschiedenen Geweben oder als Reaktion auf bestimmte Bedingungen auf seine physiologische Bedeutung hinweisen. Die Beteiligung von FAM90A20 an bestimmten Signalwegen könnte durch die Untersuchung seiner Interaktionspartner oder durch die Beobachtung der Folgen seiner Überexpression oder Unterdrückung in Zell- oder Tiermodellen abgeleitet werden.
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