Die CPN-Kat-Inhibitoren können in erster Linie mit Verbindungen in Verbindung gebracht werden, die die Funktion von Enzymen stören, die an der DNA-Verarbeitung, -Replikation und -Reparatur beteiligt sind. Zu den wichtigsten gehören die Chinolon-Antibiotika wie Ciprofloxacin, Enoxacin und Lomefloxacin, die auf die bakterielle DNA-Gyrase und Topoisomerase IV abzielen, die für die DNA-Replikation und -Reparatur von entscheidender Bedeutung sind. Die Hemmung dieser Enzyme führt zu einer blockierten DNA-Replikation, was zum Tod der Bakterienzelle führen kann.¹²³⁴⁵⁶⁷⁸⁹Abgesehen von den Chinolonen konzentrieren sich mehrere Verbindungen, darunter ICRF-193, Merbarone und Aclacinomycin A, auf Topoisomerase II, ein zentrales Enzym bei der DNA-Replikation, -Reparatur und -Segregation. Durch Bindung an dieses Enzym und dessen Hemmung können diese Verbindungen DNA-Brüche verursachen und so die Replikation und andere DNA-Prozesse stoppen. Zum Beispiel integriert sich Doxorubicin, ein bekanntes interkalierendes Agens, in die DNA und hemmt auch Topoisomerase II, was zu Doppelstrangbrüchen führt. Zusammen bieten diese CPN-Kat-Inhibitoren eine robuste Reihe von Werkzeugen, um DNA-bezogene Prozesse, insbesondere Rekombination und Segregation, die für die Funktion des CPN-Kat-Proteins von zentraler Bedeutung sind, gezielt zu hemmen.
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