Chemische Inhibitoren von CCDC90A wirken vor allem, indem sie seine Rolle im mitochondrialen Calcium-Uniporter (MCU)-Komplex beeinträchtigen. Ru360 zum Beispiel ist ein bekannter spezifischer Inhibitor des MCU-Komplexes, der direkt an den MCU bindet und die Kalziumaufnahme in die Mitochondrien blockiert. Indem Ru360 diesen Weg blockiert, hemmt es funktionell die Fähigkeit von CCDC90A, den mitochondrialen Kalziumionentransport zu regulieren. Ruthenium Red wirkt in ähnlicher Weise, indem es die mitochondriale Kalziumaufnahme verhindert, die eine wesentliche Funktion von CCDC90A innerhalb des MCU-Komplexes ist. Darüber hinaus können Verbindungen wie KB-R7943 und CGP-37157, obwohl sie in erster Linie auf den Na+/Ca2+-Austauscher abzielen, indirekt die Funktionalität von CCDC90A einschränken. KB-R7943 verändert die intrazelluläre Kalziumkonzentration, die für die Funktion von CCDC90A innerhalb der MCU von entscheidender Bedeutung ist, während CGP-37157 durch Hemmung des mitochondrialen Na+/Ca2+-Austauschers das mitochondriale Kalzium erhöhen kann, wodurch das System möglicherweise überlastet wird und somit die Fähigkeit von CCDC90A zur Regulierung des zusätzlichen Kalziumeinstroms eingeschränkt wird.
Andere Inhibitoren wie Gadoliniumchlorid und Lanthan(III)-chlorid wirken als allgemeine Kalziumkanalblocker, die sich indirekt auf CCDC90A auswirken können, indem sie genau die Kalziumflüsse einschränken, die CCDC90A in den Mitochondrien vermitteln soll. Auch Kalziumkanalblocker wie Verapamil, Diltiazem, Nifedipin und Amlodipin, die traditionell zur Hemmung von L-Typ-Kalziumkanälen an der Plasmamembran eingesetzt werden, können sich auf den intrazellulären Kalziumspiegel auswirken, was wiederum die mitochondriale Kalziumhomöostase beeinträchtigen kann, zu deren Aufrechterhaltung CCDC90A beiträgt. Darüber hinaus moduliert 2-APB, ein Inhibitor von IP3-Rezeptoren, den speichergesteuerten Kalziumeintrag und beeinflusst damit indirekt CCDC90A, indem es die intrazelluläre Kalzium-Signalgebung verändert. SKF-96365 schließlich, das den rezeptorvermittelten Kalziumeintritt und speichergesteuerte Kalziumkanäle hemmt, kann sich ebenfalls auf CCDC90A auswirken, indem es die Kalziumdynamik in den Mitochondrien verändert, in denen CCDC90A arbeitet. Jede dieser Chemikalien kann CCDC90A funktionell hemmen, indem sie auf verschiedene Aspekte der Kalziumregulierung und des Kalziumtransports abzielt und so die Aktivität des Proteins innerhalb der mitochondrialen Umgebung beeinflusst.
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