CCDC60-Inhibitoren umfassen eine vielfältige Gruppe chemischer Verbindungen, die verschiedene Signalwege und zelluläre Prozesse beeinflussen, was wiederum indirekt die funktionelle Aktivität von CCDC60 hemmen kann. Diese Inhibitoren zielen nicht direkt auf CCDC60 ab, sondern greifen in die Signalwege und Prozesse ein, an denen CCDC60 beteiligt ist, insbesondere in diejenigen, die mit der Ziliogenese und der Zilienfunktion zusammenhängen. So hemmen beispielsweise Proteinkinase-Inhibitoren wie Staurosporin Kinasen, die die Zilienschlagfrequenz regulieren, und beeinträchtigen damit die Rolle von CCDC60 bei der Zilienfunktion. Cyclin-abhängige Kinaseinhibitoren wie Roscovitin können den Aufbau oder die Funktion von Zilien, an denen CCDC60 beteiligt ist, verhindern, indem sie den Zellzyklus anhalten. In ähnlicher Weise unterbrechen der Raf-Kinase-Inhibitor GW5074 und der MEK-Inhibitor PD98059 den MAPK/ERK-Stoffwechselweg und verändern damit möglicherweise die ziliarbezogenen Aktivitäten von CCDC60.
Wirkstoffe wie LY294002 und Rapamycin zielen auf den PI3K/Akt- bzw. den mTOR-Stoffwechselweg ab, die beide für die Zilienbildung und die Zilienfunktion von entscheidender Bedeutung sind - Prozesse, bei denen CCDC60 funktionell relevant ist. Inhibitoren der Zytoskelettdynamik wie Blebbistatin und Y-27632 greifen in die Organisation von Aktin und Myosin II ein, die für den ordnungsgemäßen Aufbau und die Funktion der Zilien von wesentlicher Bedeutung ist, und beeinträchtigen dadurch die damit verbundenen Aktivitäten von CCDC60.
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