Aktivatoren wie der epidermale Wachstumsfaktor und der insulinähnliche Wachstumsfaktor 1 wirken auf Rezeptortyrosinkinasen ein und setzen eine Kaskade von Phosphorylierungsereignissen in Gang, die das zelluläre Milieu durchdringen und die Proteinaktivitäten verändern. Diese Kaskaden sind kompliziert und haben das Potenzial, zahlreiche Proteinfunktionen zu verändern, indem sie entweder ihre Aktivität verstärken oder ihre Interaktion mit anderen zellulären Komponenten verändern. Innerhalb dieser Klasse wirken bestimmte Mitglieder als Mimetika oder Inhibitoren, um Verschiebungen im zellulären Milieu zu bewirken, die sich indirekt auf die Proteinaktivität auswirken. Dibutyryl-cAMP dient als zyklisches AMP-Analogon, das die PKA aktiviert und weitreichende Auswirkungen auf Proteine hat, die auf den cAMP-abhängigen Signalweg reagieren. In ähnlicher Weise wirkt Natriumorthovanadat, indem es den phosphorylierten Zustand von Proteinen bewahrt und indirekt ihre aktive Konformation durch Hemmung der Phosphataseaktivität aufrechterhält.
Andere Verbindungen wie Trichostatin A und Retinsäure wirken auf genomischer Ebene, indem sie die Genexpressionsmuster verändern und möglicherweise zu einer Erhöhung oder Verringerung der Produktion von Proteinen führen, wodurch deren Aktivität innerhalb der Zelle indirekt moduliert wird. Im Gegensatz dazu aktivieren Wirkstoffe wie PMA die Proteinkinase C, die ihrerseits eine Vielzahl zellulärer Proteine phosphorylieren kann, wodurch verschiedene Signalwege und zelluläre Prozesse moduliert werden. Darüber hinaus erstreckt sich die Wirkung dieser Aktivatoren auch auf die Modulation des intrazellulären Kalziumspiegels, wie das Beispiel von Thapsigargin zeigt, das die Kalziumspeicherung unterbricht und kalziumempfindliche Elemente in der Zelle aktiviert. Anisomycin durch seine Wirkung auf MAPK-Signalwege und Cyclosporin A durch seine Hemmung von Calcineurin veranschaulichen die Vielfalt der Mechanismen, durch die diese Chemikalien ihre Wirkung auf die Proteinaktivität ausüben können, wobei sie jeweils auf unterschiedliche Aspekte der zellulären Signalübertragung und -regulierung abzielen.
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