Staurosporin ist ein potenter Kinaseinhibitor mit einem breiten Spektrum an Zielmolekülen, der in der Lage ist, Phosphorylierungsvorgänge zu unterbrechen, die für viele zelluläre Signalwege von zentraler Bedeutung sind. Sein breites Wirkungsspektrum bedeutet, dass es die Aktivität zahlreicher Proteine innerhalb dieser Signalwege beeinflussen kann. Rapamycin und ähnliche Wirkstoffe hemmen den mTOR-Signalweg, der für das Zellwachstum und die Zellproliferation entscheidend ist. Durch die Hemmung von mTOR können diese Wirkstoffe die Funktion von Proteinen verändern, die Teil dieses Signalwegs sind oder von ihm reguliert werden. Cycloheximid und Actinomycin D sind klassische Inhibitoren der Protein- bzw. RNA-Synthese, die sich auf die Expression vieler Proteine in verschiedenen Stoffwechselwegen auswirken.
MG132 zielt auf das Ubiquitin-Proteasom-System, das eine zentrale Rolle beim Proteinabbau spielt. Durch die Hemmung der proteasomalen Aktivität kann MG132 zu einer Anhäufung oder Stabilisierung von Proteinen in der Zelle führen und deren funktionelle Dynamik beeinträchtigen. Brefeldin A, das den vesikulären Transport beeinflusst, kann die Lokalisierung und Verarbeitung von Proteinen verändern, die das endoplasmatische Retikulum (ER) und den Golgi-Apparat durchlaufen. Inhibitoren wie 2-Desoxy-D-Glukose greifen in Stoffwechselwege wie die Glykolyse ein, was sich auf den Energiestoffwechsel der Zelle auswirkt und möglicherweise Proteine beeinträchtigt, die mit dem Stoffwechsel in Verbindung stehen. PD98059 und U0126 sind spezifische MEK-Inhibitoren, die Teil der MAPK/ERK-Signalkaskade sind, einem Signalweg, der häufig an der Zelldifferenzierung und -vermehrung beteiligt ist.
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