Los inhibidores químicos de ZNF404 pueden ejercer sus efectos a través de varias vías moleculares que son parte integral de la función de la proteína. Dasatinib, a través de su inhibición de las quinasas de la familia Src, interrumpe los eventos de fosforilación que son esenciales para la actividad de ZNF404. Del mismo modo, AZD0530 y PD173955 se dirigen también a estas quinasas, reduciendo las cascadas de señalización de las que depende ZNF404. Este bloqueo de las vías impulsadas por quinasas garantiza que el ZNF404 no pueda funcionar de forma óptima. Palbociclib actúa inhibiendo CDK4/6, que son quinasas que influyen potencialmente en los mecanismos del ciclo celular y la proliferación que ZNF404 puede gobernar, impidiendo así que ZNF404 ejerza sus efectos reguladores.
Más adelante en las vías de señalización, la función del ZNF404 puede verse obstaculizada por sustancias químicas como PF-562271 e Y-27632, que inhiben la FAK/Pyk2 y la quinasa ROCK, respectivamente. Estas quinasas están implicadas en la regulación de la adhesión celular, la migración y la organización del citoesqueleto, procesos que el ZNF404 puede ayudar a controlar. La obstrucción de estas vías compromete la capacidad reguladora del ZNF404. GDC-0941 y LY294002 se dirigen a PI3K, una cinasa fundamental en la vía de señalización PI3K/AKT, que ZNF404 puede utilizar. La inhibición de esta vía restringe la actividad de los efectores descendentes que son necesarios para la función de ZNF404. U0126, SP600125 y SB203580 afectan a las vías de señalización MAPK inhibiendo MEK1/2, JNK y p38 MAP quinasa respectivamente. Estos inhibidores contribuyen colectivamente a la reducción de la actividad de las vías MAPK/ERK y JNK, que son reguladores potenciales de ZNF404.
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