Foram identificados activadores do ZNF346 que influenciam a sua função através de uma variedade de mecanismos celulares, aumentando a atividade transcricional da proteína. Certos compostos aumentam diretamente os níveis intracelulares de AMP cíclico, um mensageiro secundário que ativa a proteína quinase A. A quinase activada pode então fosforilar o ZNF346, o que aumenta a sua afinidade de ligação ao ADN e a sua atividade transcricional. Outros activadores funcionam inibindo a degradação do AMPc, amplificando assim a cascata de sinalização que conduz à fosforilação e subsequente ativação do ZNF346. Além disso, existem activadores que aumentam as concentrações de cálcio intracelular, que activam as cinases dependentes de cálcio/calmodulina. Estas cinases podem também fosforilar factores de transcrição como o ZNF346, reforçando potencialmente a sua atividade funcional.
Alguns activadores têm como alvo a via da proteína quinase C, quer por estimulação direta, quer por alteração do equilíbrio das actividades das cinases, o que pode conduzir a mecanismos indirectos que aumentam a atividade do ZNF346. Foi demonstrado que outras moléculas inibem as vias que reprimem os factores de transcrição, aumentando assim indiretamente a atividade transcricional do ZNF346, reduzindo a inibição competitiva ou removendo os complexos co-repressores dos promotores dos genes. Além disso, certos compostos inibem as histonas desacetilases, conduzindo a uma estrutura de cromatina aberta e a uma melhor acessibilidade dos factores de transcrição, como o ZNF346, aos seus alvos de ADN.
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