Zap3阻害剤には多様な作用機序があり、それぞれが特定のシグナル伝達経路や細胞プロセスを障害し、最終的にZap3を阻害する。Zap3を阻害する最も直接的なアプローチは、キナーゼ阻害剤の使用である。キナーゼ阻害剤は、シグナル伝達カスケードの中でZap3の活性化と機能に重要なリン酸化過程を標的とする。例えば、広範なキナーゼ阻害剤は、これらの重要なリン酸化過程を阻害し、Zap3の活性を低下させる。同様に、PI3K-AktまたはMAPK/ERK経路内の特定のキナーゼを阻害する阻害剤は、Zap3を含む下流の標的の活性化を阻害する。PI3Kの阻害はAktシグナル伝達カスケードの開始を阻止し、MEKの阻害はMAPK/ERK経路を直接阻害するであろう。
他の阻害剤は、細胞の成長と増殖を制御するmTORや、ミスフォールドや損傷を受けたタンパク質を分解するプロテアソームなど、細胞の制御機構を標的とする。一方、プロテアソーム阻害剤はタンパク質の蓄積を引き起こし、Zap3を制御する細胞内経路を混乱させる可能性がある。さらに、カルシウムキレーターやカルシウムチャネルやIP3レセプターの阻害剤を用いて細胞内カルシウムレベルを操作することは、Zap3の機能がカルシウムを介したシグナル伝達に依存している場合には、Zap3活性の低下につながる可能性がある。さらに、cAMPのようなセカンドメッセンジャーを調節する薬剤は、シグナル伝達分子としてcAMPに依存するシグナル伝達経路に影響を与えることにより、間接的にZap3を阻害する可能性がある。もしZap3がcAMP依存性経路によって負に制御されているのであれば、cAMPレベルが上昇するとその活性は低下するだろう。
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