Los inhibidores químicos de YMER pueden ejercer sus efectos inhibidores a través de diversos mecanismos, dirigiéndose a las vías de señalización y los procesos celulares en los que se sabe que YMER está implicado. La estaurosporina y el GF109203X son dos de estos inhibidores que actúan sobre la proteína cinasa C (PKC), un actor clave en la transducción de señales. Al inhibir la PKC, estas sustancias químicas interrumpen los procesos de fosforilación necesarios para que YMER desempeñe su función en las células. Como la fosforilación es una modificación postraduccional crucial que a menudo activa o desactiva proteínas, la inhibición de la PKC conduce a una reducción de la actividad de YMER, inhibiéndolo así funcionalmente. Del mismo modo, la PP2, al ser un inhibidor de la tirosina quinasa, impide la fosforilación de los residuos de tirosina en las proteínas de las vías de señalización en las que interviene el YMER. Esta acción bloquea la activación de estas vías, inhibiendo así la función de YMER dentro de las mismas.
Además, LY294002 y Wortmannin se dirigen a la vía PI3K/Akt, siendo LY294002 específicamente inhibidor de PI3K y Wortmannin un inhibidor más potente de la misma quinasa. La PI3K se encuentra en la parte superior de la cascada de señalización de la que forma parte el YMER y, por consiguiente, su inhibición provoca una disminución de la señalización descendente que normalmente daría lugar a la activación del YMER. Además, tanto el U0126 como el PD98059 actúan como inhibidores de la MEK, interrumpiendo la vía MAPK/ERK, que es otra vía crucial para la función del YMER. Al inhibir MEK, estas sustancias químicas impiden indirectamente la señalización descendente necesaria para la activación de YMER. Del mismo modo, SP600125 y SB203580 inhiben selectivamente la JNK y la p38 MAPK, respectivamente, ambas quinasas dentro de las vías de señalización MAPK. La inhibición de estas quinasas conduce a una disminución de la actividad de YMER, ya que forma parte de la cascada de señalización regulada por JNK y p38 MAPK. Por último, la Rapamicina inhibe específicamente mTOR, un componente central de la vía de señalización mTOR, que desempeña un papel vital en el crecimiento y la proliferación celular, procesos en los que está implicado YMER. Al inhibir mTOR, Rapamicina reduce la actividad de YMER limitando la señalización a través de esta vía.
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