WDR89阻害剤は様々なメカニズムで機能し、タンパク質合成、細胞増殖、生存などの細胞内プロセスに関与するこのタンパク質の活性を弱める。ある種の化合物は、タンパク質合成と細胞増殖を制御するための重要なシグナル伝達経路であるmTOR経路を標的とすることによって、この機能を発揮する。mTORと相互作用するタンパク質に結合することで、これらの阻害剤は経路の活性を抑制し、結果としてWDR89の機能的動態を低下させる。他の阻害剤は、細胞生存に不可欠なPI3K/ACTシグナル伝達カスケードを阻害することによって作用する。PI3Kを停止させるかAKTを直接阻害することにより、これらの化合物はWDR89の活性を下流で確実に低下させ、この経路の出力に関連する。
さらに、細胞増殖、分化、ストレス応答において極めて重要な役割を果たすMAPK/ERKおよびp38 MAPK経路も、特異的阻害剤の標的となる。これらの経路内のMEK1/2、p38、JNKのようなキナーゼを選択的に阻害することにより、重要なシグナルの伝達が阻害され、WDR89活性が低下する。いくつかの化合物は細胞骨格構造に影響を及ぼし、細胞骨格構造は細胞の形状、運動性、細胞内輸送の基本であり、WDR89はこのプロセスに直接的または他のタンパク質との結合を通して間接的に関与している可能性がある。したがって、細胞骨格の動態が阻害されると、WDR89の細胞内での正しい局在と機能が損なわれる可能性がある。さらに、ある種の阻害剤は、タンパク質のターンオーバーを制御するユビキチン・プロテアソーム系に影響を与える可能性がある。この系を調節することにより、これらの阻害剤はWDR89の安定性と分解速度に影響を与え、細胞内での存在感の低下とそれに伴う活性の低下をもたらす可能性がある。
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