WDFY1の化学的活性化剤は、様々な細胞内シグナル伝達経路や、細胞成分を分解しリサイクルする細胞内プロセスであるオートファジーに関連した機構に関与することによって、タンパク質の機能に影響を与えることができる。例えば、WortmanninとLY294002はPI3K阻害剤であり、オートファジー経路を活性化し、オートファジー小胞形成におけるWDFY1の役割に間接的に影響を与える。mTOR阻害剤であるラパマイシンも、WDFY1がオートファジー小胞の形成に関与していることから、オートファジーを促進することによってWDFY1を活性化することができる。Akt阻害剤としてのペリホシンは、オートファジー活性化の同様のカスケードを開始することができ、その過程にWDFY1が関与している。対照的に、3-MAは二重の役割を持ち、最初はPI3KクラスIIIを標的とすることでオートファジーを阻害するが、ある条件下ではオートファジーをアップレギュレートすることでWDFY1を活性化することができる。Spautin-1は、クラスIII PI3K複合体の分解を促進することによって、さらに別の層を追加し、WDFY1が重要な役割を果たすオートファジー機構の活性化につながる可能性がある。
クロロキンは、オートファゴソーム-リソソーム融合に対する阻害作用により、オートファゴ小胞の蓄積を引き起こし、オートファゴソーム形成の初期段階に関与するWDFY1を活性化する。トレハロースはmTORに依存しない経路でオートファジーを誘導し、WDFY1の活性にも影響を与える。一方、Torin 1やPP242のような特異的なmTOR阻害剤はオートファジーを活性化し、オートファジー構造の構築におけるWDFY1の参加に影響を与える。バフィロマイシンA1は、オートファゴソームとリソソームの融合を阻害することで、オートファジーの初期段階においてWDFY1の役割が強調される状況をもたらす可能性がある。必須オートファジー開始キナーゼであるULK1を阻害するSBI-0206965は、オートファジーの代償的活性化をもたらし、その結果、WDFY1活性も活性化される。これらの化学物質を総合すると、オートファジー経路を調節し、その後WDFY1の活性に影響を与えることができ、重要な細胞プロセスに関与する化学物質と細胞タンパク質の相互作用を示すことができる。
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