USP28阻害剤は、ユビキチン・プロテアソーム系(UPS)で重要な役割を果たす酵素ユビキチン特異的プロテアーゼ28(USP28)と相互作用するように特別に設計された化合物の一群である。USP28は、ユビキチン化酵素(DUB)の一つであり、ユビキチン化という可逆的な翻訳後修飾(小さな制御タンパク質であるユビキチンが基質タンパク質に結合する)のプロセスを緻密に制御している。このユビキチン結合は、様々な細胞内プロセスのシグナルとして機能し、主にタンパク質をプロテアソームで分解するための標的として知られている。しかし、ユビキチン化は、細胞周期の調節、DNA修復、シグナル伝達など、他の細胞プロセスにも関与している。USP28阻害剤は、USP28の活性部位または特異的基質結合領域に結合するように設計されており、その脱ユビキチン化活性を阻害する。そうすることで、これらの阻害剤はUSP28の基質であるタンパク質の安定性を調節することができ、細胞機能に様々な下流の影響を与えることができる。
USP28阻害剤の開発には、化学と生物学の複雑な相互作用が関わっている。これらの阻害剤の化学構造は複雑であることが多く、USP28に結合する際の特異性と有効性を確保するために精密な分子設計が必要となる。設計プロセスでは通常、酵素の活性部位にある重要な残基を同定し、水素結合、疎水性相互作用、あるいは他のタイプの化学結合によってこれらの残基と相互作用できる分子を開発する。UPSは酵素と基質の高度に複雑なネットワークを含んでおり、標的外作用が思わぬ結果につながる可能性があることから、USP28阻害剤の特異性は極めて重要である。これらの阻害剤の効力は、通常、様々なin vitroアッセイにおけるUSP28の脱ユビキチン化活性を低下させる能力によって測定される。このアッセイには、精製タンパク質を用いた生化学的アッセイや、USP28阻害の結果をより複雑な生物学的環境で観察できる細胞アッセイが含まれる。
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