Os activadores químicos do TRM11 podem iniciar várias vias de sinalização intracelular que resultam na modificação e ativação da proteína. O cloreto de zinco e o sulfato de cobre (II) funcionam como activadores directos, ligando-se ao TRM11 e alterando potencialmente a sua conformação. Sabe-se que a presença de iões de zinco estabiliza a estrutura das proteínas com motivos de dedo de zinco, o que pode aumentar a atividade catalítica. Do mesmo modo, os iões de cobre, quando servem de cofator, participam ativamente nas funções catalíticas do TRM11, como a transferência de grupos metilo para os seus substratos. O fluoreto de sódio, a forskolina e o 12-miristato-13-acetato de forbol (PMA) activam as cinases que têm como alvo o TRM11. O fluoreto de sódio ativa cinases que podem levar à fosforilação do TRM11, aumentando a sua atividade. A forskolina aumenta os níveis de AMPc, activando a proteína quinase A (PKA), que pode então fosforilar o TRM11, resultando num aumento da atividade enzimática. O PMA, por outro lado, ativa a proteína quinase C (PKC), que também fosforila e ativa o TRM11.
A isonomicina, a tapsigargina e a calmodulina são substâncias químicas que perturbam a homeostase do cálcio, podendo assim levar à fosforilação e ativação do TRM11 através de vias dependentes do cálcio. A ionomicina aumenta os níveis de cálcio intracelular, activando potencialmente proteínas sensíveis ao cálcio que modificam o TRM11. A tapsigargina perturba o armazenamento de cálcio, conduzindo a efeitos a jusante semelhantes aos da ionomicina. A calmodulina, quando ligada ao cálcio, ativa várias cinases ou proteínas de ligação ao cálcio que podem ter como alvo o TRM11. Além disso, o peróxido de hidrogénio ativa cinases relacionadas com o stress oxidativo, conduzindo potencialmente à fosforilação do TRM11 se este for sensível à redox. A S-Nitroso-N-acetil-DL-penicilamina (SNAP) liberta óxido nítrico, que ativa proteínas cinases dependentes de GMPc que podem fosforilar e ativar o TRM11. O ATP é essencial para a atividade das cinases, uma vez que fornece os grupos fosfato para a fosforilação, afectando diretamente o estado de ativação do TRM11. Por último, o MG132, um inibidor do proteassoma, pode levar à acumulação de proteínas ubiquitinadas, o que pode aumentar indiretamente a atividade do TRM11 se este estiver envolvido em processos mediados pela ubiquitina.
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