Chemische Inhibitoren von TRIM64B können die Funktion des Proteins auf verschiedene Weise beeinträchtigen, indem sie vor allem auf die proteasomalen und lysosomalen Abbauwege abzielen. Proteasominhibitoren wie MG132, Lactacystin, Epoxomicin, Bortezomib und Withaferin A behindern die Fähigkeit des Proteasoms, ubiquitinierte Proteine abzubauen. Da man annimmt, dass TRIM64B an der Markierung von Proteinen für den Abbau beteiligt ist, kann die Anhäufung dieser Proteine aufgrund der Hemmung des Proteasoms zu einer Hemmung der TRIM64B-Funktion führen. Dies liegt daran, dass der normale Zyklus von Markierung und Abbau, an dem TRIM64B beteiligt ist, unterbrochen wird, was zu einer Anhäufung von Proteinen führt, die sonst abgebaut würden.
Andere Wirkstoffe, wie MLN4924, stören Prozesse, die der Rolle von TRIM64B beim Proteinumsatz vorgeschaltet sind. MLN4924 hemmt das NEDD8-aktivierende Enzym und wirkt sich somit möglicherweise indirekt auf TRIM64B aus, indem es die Regulierung von Cullin-RING-Ubiquitin-Ligasen (CRLs) verändert, die für die Funktion von TRIM64B notwendig sein könnten. Lysosomale Funktionsstörer wie Chloroquin, Concanamycin A, Leupeptin und Pepstatin A behindern verschiedene Aspekte des lysosomalen Abbauweges. Chloroquin und Concanamycin A stören die lysosomale Ansäuerung, während Leupeptin und Pepstatin A die lysosomalen Proteasen hemmen. Da die lysosomale Funktion für den Abbau von Zellbestandteilen entscheidend ist, kann die Hemmung der Lysosomen zu einer Hemmung von TRIM64B führen, wenn es auf diesen Weg angewiesen ist. Schließlich unterbricht O-Phenanthrolin die Metalloprotease-Aktivität, was TRIM64B hemmen könnte, wenn seine Funktion von Metalloprotease-vermittelten Prozessen abhängt. Eeyarestatin I hemmt spezifisch Komponenten des ER-assoziierten Abbauweges, was TRIM64B beeinträchtigen könnte, wenn es an diesem zellulären Mechanismus beteiligt ist.
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