TRIM6の化学的阻害剤は、細胞のプロテオスタシス機構を阻害することにより、その機能に影響を及ぼす可能性がある。プロテアソーム阻害剤であるMG132は、TRIM6の基質を含むユビキチン化タンパク質の分解を阻害し、プロテアソーム分解に依存するTRIM6の制御機能を阻害する。同様に、選択的プロテアソーム阻害剤であるラクタシスチンとエポキソミシンは、いずれもプロテアソームの触媒活性を標的とするため、ユビキチン化とそれに続く分解を通じてタンパク質量を調節するTRIM6の能力を阻害する可能性がある。もう一つのプロテアソーム阻害剤であるボルテゾミブは、26Sプロテアソームを直接標的にして阻害するので、TRIM6が基質タンパク質の分解を促進するのを妨げる可能性がある。この分解過程の阻害は、TRIM6の基質の蓄積につながり、ユビキチン-プロテアソーム経路におけるTRIM6の役割を効果的に阻害する。
リソソーム分解経路の文脈では、クロロキンやバフィロマイシンA1は、タンパク質のリソソーム分解に不可欠なリソソームの酸性化を阻害することによって、TRIM6を阻害することができる。もしTRIM6がタンパク質のリソソームへの誘導に関与しているとすれば、これらの阻害剤はこの機能を損なうことになる。さらに、もう一つのV-ATPase阻害剤であるコンカナマイシンAは、リソソームの酸性化を阻害するため、TRIM6が関与するリソソーム依存性の分解経路を阻害する可能性がある。それぞれシステインプロテアーゼとセリンプロテアーゼの阻害剤であるE64とロイペプチンは、TRIM6の機能的活性に必要なタンパク質分解を阻害することができる。これらのプロテアーゼが阻害されると、TRIM6の成熟や活性化が阻害され、その機能活性が低下する。さらに、オートファゴソームの形成を阻害することでオートファジーを阻害する3-メチルアデニンも、TRIM6が関与すると考えられるオートファジー分解経路を阻害することができる。最後に、ALLNとZ-VAD-FMKはそれぞれカルパインとカスパーゼを標的としており、TRIM6がカルパインを介した制御経路に関与している場合、あるいはTRIM6がアポトーシス関連のシグナル伝達経路に関与している場合には、TRIM6の機能を阻害する可能性がある。
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