TNRC6C阻害剤は、TNRC6Cに関連する経路に間接的に影響を与えることによって主に作用する。これらの阻害剤は、TNRC6Cが重要な役割を果たしているRNA誘導サイレンシング複合体(RISC)の上流または下流にある様々なシグナル伝達分子や酵素を標的としている。これらの経路を調節することにより、これらの化学物質はTNRC6Cの機能性、特にRNA干渉による転写後遺伝子制御における役割に影響を与える可能性がある。例えば、LY 294002やWortmanninのようなPI3K阻害剤は、細胞の生存と成長に重要なPI3K/Akt/mTOR経路に影響を与える可能性がある。PI3K/Akt/mTOR経路は遺伝子発現とRNAプロセシングに下流で影響を及ぼす可能性があるため、遺伝子サイレンシングにおけるTNRC6Cの機能に間接的に影響を及ぼす。同様に、MEK経路(U0126、PD 98059)およびMAPK経路(p38 MAPKに対してはSB 203580、JNKに対してはSP600125)を標的とする阻害剤は、RNAサイレンシングにおけるTNRC6Cの役割と交差する可能性のある細胞内シグナル伝達カスケードに影響を及ぼす可能性がある。
3-MAのようなオートファジー阻害剤やリソソーム機能阻害剤(バフィロマイシンA1、クロロキン)も間接的にTNRC6Cに影響を与える可能性がある。これらの阻害剤は細胞のリサイクルプロセスを変化させ、RNA干渉に関与する分子複合体の利用可能性や機能に影響を与える可能性がある。さらに、LY3214996によるERK1/2阻害やSL 0101-1によるRSK阻害は、RNAサイレンシングにおけるTNRC6Cの機能と交差する可能性のある細胞シグナル伝達経路に影響を及ぼす可能性がある。
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