TMCO4の化学的阻害剤には、細胞機能のさまざまな側面、特にTMCO4が局在する小胞体(ER)内を破壊するさまざまな化合物が含まれる。例えば、エラスチンはシスチン/グルタミン酸アンチポーターを標的とし、細胞内のグルタチオンレベルの低下と、それに続く酸化ストレスを引き起こし、TMCO4の適切な機能に不可欠な小胞体の酸化還元状態を変化させる。同様に、SERCAポンプ阻害剤であるタプシガルギンとシクロピアゾン酸は、ERのカルシウムホメオスタシスを破壊し、このコンパートメント内でのTMCO4のフォールディングと成熟に影響を与えることによって、TMCO4の機能を損なう可能性がある。N-結合型グリコシル化を阻害するツニカマイシンの役割も、TMCO4がこの翻訳後修飾を受けると、不適切なフォールディングと機能につながる可能性がある。ブレフェルジンAは、小胞体からゴルジ体への輸送を阻害することによって、TMCO4の適切な機能をさらに複雑にしている。
TMCO4の機能を損なう可能性のある化合物には、プロテアソームを阻害するMG-132がある。MG-132はプロテアソームを阻害するため、小胞体内にミスフォールディングタンパク質が蓄積し、その結果小胞体ストレスが生じ、TMCO4のフォールディングと機能に影響を及ぼす可能性がある。eIF2αのリン酸化状態を調節するSalubrinalとSephin1もまた、ストレス条件下でのタンパク質合成速度を変化させることによって間接的にTMCO4を阻害し、ER内の全体的なタンパク質のホメオスタシスに影響を与える可能性がある。ER関連分解(ERAD)を阻害するEeyarestatin Iは、ミスフォールディングしたTMCO4の蓄積をもたらす可能性があり、ATF6とPERKシグナルをそれぞれ阻害するCeapin-A7とGSK2606414は、アンフォールデッドタンパク質応答(UPR)に影響を与え、それによってTMCO4の機能に影響を与える可能性がある。最後に、4-フェニル酪酸はケミカルシャペロンとして作用し、小胞体ストレスやタンパク質のフォールディング環境に影響を与え、その結果、小胞体内のTMCO4の機能に影響を与える可能性がある。
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