Os inibidores químicos do TFIIIC35 actuam através de diversos mecanismos para inibir a sua função no complexo de iniciação da transcrição. A plumbagina pode intercalar-se no ADN, interrompendo a atividade de ligação ao ADN do TFIIIC35, que é essencial para o seu papel na iniciação da transcrição. A actinomicina D também visa o ADN, mas fá-lo ligando-se diretamente ao local de iniciação da transcrição, impedindo assim o TFIIIC35 de aceder às suas regiões de ligação necessárias na cadeia de ADN. Do mesmo modo, a mitramicina A liga-se ao ADN em sequências ricas em GC, o que poderia alterar a estrutura do ADN de forma a impedir a função do TFIIIC35. A Mitoxantrona e o Etoposido exercem as suas acções inibidoras através da intercalação no ADN e da inibição da topoisomerase II, respetivamente, levando a quebras no ADN e a uma consequente redução da disponibilidade de modelos de ADN intactos de que o TFIIIC35 necessita para iniciar a transcrição.
Outros inibidores afectam o TFIIIC35 ao visarem a maquinaria de transcrição ou processos relacionados. A α-Amanitina impede a RNA polimerase II, afectando indiretamente o TFIIIC35 ao reduzir a transcrição de genes necessários para a sua função. A DRB inibe a fosforilação da RNA polimerase II, essencial para a transição da iniciação para o alongamento da transcrição, afectando assim indiretamente o papel do TFIIIC35 nos complexos de transcrição. A triptolida, embora não tão direta, prejudica a ligação do TFIIIC35 ao ADN, inibindo a função global do fator de transcrição. O ICRF-193 actua estabilizando a forma de pinça fechada da topoisomerase II, reduzindo a disponibilidade de ADN relaxado, que é necessário para o TFIIIC35 formar complexos de iniciação. A tricostatina A inibe as histonas desacetilases, levando a uma estrutura de cromatina mais aberta que pode perturbar a função normal do TFIIIC35. Por fim, a cloroquina perturba o TFIIIC35 ao alterar o pH dos organelos intracelulares e ao interferir com as vias de degradação das proteínas, o que pode levar a uma localização alterada do TFIIIC35, inibindo, em última análise, a sua função na iniciação da transcrição.
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