TFIIIC35の化学的阻害剤は、転写開始複合体におけるその機能を阻害するために、多様なメカニズムで作用する。プルンバギンはDNAにインターカレートし、転写開始におけるその役割に不可欠なTFIIIC35のDNA結合活性を破壊することができる。アクチノマイシンDもDNAを標的にするが、これは転写開始部位に直接結合することによって行われ、それによってTFIIIC35がDNA鎖上の必要な結合領域にアクセスするのを阻害する。同様に、ミトラマイシンAはGCリッチ配列のDNAに結合し、TFIIIC35の機能を阻害するようにDNA構造を変化させる可能性がある。ミトキサントロンとエトポシドは、それぞれDNAへのインターカレーションとトポイソメラーゼIIの阻害によって阻害作用を発揮し、DNA切断を引き起こし、その結果、TFIIIC35が転写を開始するために必要とする無傷のDNA鋳型の利用可能性が低下する。
α-アマニチンはRNAポリメラーゼIIを阻害し、TFIIIC35の機能に必要な遺伝子の転写を抑制することで間接的にTFIIIC35に影響を与える。DRBはRNAポリメラーゼIIのリン酸化を阻害するが、これは転写の開始から伸長への移行に必須であり、それによって間接的に転写複合体におけるTFIIIC35の役割に影響を与える。トリプトライドは、直接的ではないが、転写因子の機能を全体的に阻害することによって、TFIIIC35のDNAへの結合を損なう。ICRF-193は、トポイソメラーゼIIのクローズドクランプ型を安定化することによって作用し、TFIIIC35が開始複合体を形成するのに必要な弛緩したDNAの利用可能性を減少させる。トリコスタチンAはヒストン脱アセチル化酵素を阻害し、TFIIIC35の正常な機能を阻害する可能性のある、よりオープンなクロマチン構造をもたらす。最後に、クロロキンは細胞内小器官のpHを変化させ、タンパク質分解経路を妨害することによってTFIIIC35を破壊し、TFIIIC35の局在を変化させ、最終的に転写開始におけるその機能を阻害する可能性がある。
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