A forskolina, ao elevar o AMPc intracelular, ativa a proteína quinase A (PKA), que depois fosforila proteínas-alvo que podem estar relacionadas com as cascatas de sinalização que envolvem a TBC1D3F. A PMA estimula diretamente a proteína quinase C (PKC), uma enzima fundamental na regulação de proteínas que podem fazer parte da rede de sinalização relacionada com a TBC1D3F. A ionomicina, um ionóforo de cálcio, aumenta os níveis de cálcio intracelular, um mensageiro secundário que ativa as cinases dependentes do cálcio, influenciando potencialmente a proteína TBC1D3F através da modulação das vias de sinalização do cálcio. Entretanto, o inibidor LY294002 tem como alvo a fosfatidilinositol 3-quinase (PI3K), afectando a via de sinalização AKT e afectando indiretamente as vias celulares associadas à TBC1D3F. A rapamicina, ao inibir o alvo mamífero da rapamicina (mTOR), pode alterar as vias de sinalização a jusante que influenciam o TBC1D3F.
A introdução de A23187 perturba o equilíbrio do cálcio intracelular e pode afetar a TBC1D3F através de cascatas de sinalização sensíveis ao cálcio. O U73122, que inibe a fosfolipase C, e o ácido okadaico, que inibe as proteínas fosfatases PP1 e PP2A, resultam em estados de fosforilação alterados na célula, afectando potencialmente as vias de que a TBC1D3F faz parte. Compostos como o Go 6983, que modula a atividade da PKC, o SB 203580, um inibidor da p38 MAP quinase, o KN-93, um inibidor da quinase II dependente da calmodulina (CaMKII), e o PD98059, um inibidor da MEK, servem todos para influenciar o panorama da sinalização celular.
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