SUR-2阻害剤の理論的なクラスは、転写制御に関与するメディエーター複合体の構成要素であるSUR-2タンパク質の活性に間接的に影響を及ぼす可能性のある化合物で構成されている。SUR-2は酵素活性を持たず、従って従来の活性部位を持たないので、これらの化合物は直接結合によってSUR-2を阻害することはない。その代わりに、SUR-2が存在するメディエーター複合体のリクルートと機能に関与する上流のシグナル伝達経路、転写因子、またはクロマチン修飾因子を妨害するか、あるいはSUR-2または関連タンパク質をコードする遺伝子の転写を変化させる可能性がある。
トリプトリドやミトラマイシンのような化合物は、メディエーター複合体に関連する遺伝子の発現を制御する転写因子を阻害し、それによってSUR-2の活性を低下させる可能性がある。アクチノマイシンDやα-アマニチンのような抗生物質は、RNAポリメラーゼIIを阻害することによって作用し、SUR-2が介在する転写を減少させる可能性がある。フラボピリドールのようなCDK阻害剤は、RNAポリメラーゼIIのC末端ドメイン(CTD)のリン酸化状態に影響を与える可能性がある。CTDは、SUR-2によって制御されている遺伝子を含む多くの遺伝子の転写に必要である。ICG-001やJQ1のような低分子阻害剤は、それぞれWnt/β-カテニン経路を妨害したり、アセチル化マークの読み取りを妨害したりするが、SUR-2によって共制御されている遺伝子の発現や機能に影響を与えることによって、間接的にSUR-2の活性を低下させる可能性もある。要するに、これらの化合物によるSUR-2の間接的阻害は、遺伝子発現の変化とそれに続くSUR-2活性の低下につながる細胞内事象のカスケードを伴う。細胞のシグナル伝達環境や転写機構を変化させることによって、これらの阻害剤はSUR-2が関与する生物学的プロセスを阻害することができる。
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