Gli inibitori chimici di Sec15B interrompono varie fasi del traffico vescicolare e della dinamica citoscheletrica, ostacolando così il ruolo della proteina nell'aggancio e nella fusione delle vescicole alla membrana plasmatica. La brefeldina A ostacola il trasporto vescicolare inibendo l'interazione ARF1/COPI, un processo fondamentale per il movimento delle vescicole dall'ER all'apparato del Golgi. Allo stesso modo, Exo1 e Golgicide A colpiscono GBF1, un fattore di scambio di guanina nucleotide (GEF) per ARF1, necessario per la formazione delle vescicole dall'ER. Questa inibizione porta a una riduzione del traffico di vescicole, limitando indirettamente la funzione di Sec15B nell'esocitosi. Dynasore e MiTMAB hanno entrambi come bersaglio l'attività della dynamin GTPasi, che è fondamentale per il rilascio delle vescicole rivestite di clatrina. Impedendo la scissione delle vescicole, questi inibitori diminuiscono il numero di vescicole su cui Sec15B può agire, riducendo così la sua funzione di targeting e fusione delle vescicole.
Un'ulteriore alterazione della funzione di Sec15B è ottenuta da composti come il nocodazolo e la citocalasina D, che disintegrano rispettivamente i microtubuli e i filamenti di actina. Tale disintegrazione è dannosa per la consegna e il movimento delle vescicole all'interno della cellula, fasi cruciali in cui Sec15B esercita il suo effetto. La latrunculina B e il jasplakinolide agiscono in modo diverso sulla dinamica dell'actina: la latrunculina B si lega ai monomeri di actina e ne impedisce la polimerizzazione, mentre il jasplakinolide stabilizza i filamenti, impedendone la corretta dinamica. Entrambe le azioni determinano un'alterazione dei processi di aggancio e fusione delle vescicole che coinvolgono Sec15B. L'inibizione di Cdc42 da parte di ML141 interrompe anche l'organizzazione dei filamenti di actina, influenzando il movimento delle vescicole verso la membrana plasmatica. SecinH3 ha come bersaglio le citoesine, con conseguente compromissione dell'attività della GTPasi ARF, essenziale per mediare il trasporto vescicolare e, per estensione, il ruolo di Sec15B. Infine, SMIFH2 inibisce la nucleazione dell'actina mediata dalla formina, interrompendo ulteriormente la formazione del filamento di actina, necessaria per la corretta localizzazione e funzione di Sec15B nella cellula.
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