Os inibidores químicos da SAMD9 actuam através de vários mecanismos para assegurar a inibição funcional da proteína. A withaferina A liga-se ao domínio ATPase da SAMD9, que é essencial para a sua atividade de chaperona, impedindo assim a SAMD9 de se envolver nas suas funções normais de sinalização. Da mesma forma, o Celastrol perturba a resposta ao choque térmico, um mecanismo celular crítico para a dobragem de proteínas, incluindo a dobragem da SAMD9, levando à sua deficiência funcional. A Geldanamicina tem como alvo a Hsp90, uma proteína de choque térmico que actua como uma chaperona para a SAMD9 e, ao ligar-se à Hsp90, a Geldanamicina inibe a dobragem e o funcionamento adequados da SAMD9. A trifluoperazina exerce a sua ação inibidora ao interagir com a calmodulina, uma proteína que medeia as vias de sinalização do cálcio cruciais para a ativação da SAMD9, obstruindo assim o papel funcional da SAMD9. Além disso, o cloridrato de W-7 inibe as vias dependentes da calmodulina, que são essenciais para a ativação da SAMD9, culminando na inibição da proteína.
A tapsigargina inibe a bomba SERCA, perturbando a homeostase do cálcio na célula, o que por sua vez perturba a ativação dependente do cálcio da SAMD9. A tunicamicina impede a glicosilação ligada à N, um processo de modificação pós-traducional que influencia a dobragem e a estabilidade da SAMD9, resultando na sua inibição funcional. A brefeldina A dificulta o transporte intracelular de proteínas, o que pode levar a um processamento e funcionamento incorrectos da SAMD9. A cicloheximida e a puromicina inibem diferentes fases da síntese proteica; a cicloheximida bloqueia o alongamento do péptido, enquanto a puromicina provoca a terminação prematura da cadeia, o que leva à produção de proteínas SAMD9 não funcionais. O MG-132 e a Epoxomicina inibem o proteassoma, o complexo responsável pela degradação das proteínas mal dobradas. O MG-132 é um inibidor alargado do proteassoma, enquanto a epoxomicina inibe especificamente a atividade do proteassoma semelhante à quimotripsina. Esta inibição pode causar uma acumulação de proteínas SAMD9 mal dobradas, que são incapazes de desempenhar as suas funções normais dentro da célula. Cada um destes produtos químicos assegura a inibição da SAMD9 através de interação direta ou obstruindo vias e processos que são vitais para a correcta dobragem, processamento e função da proteína.
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