Les inhibiteurs chimiques de la Rpp40 peuvent être classés en fonction des étapes spécifiques de l'expression génique qu'ils ciblent, conduisant ainsi à l'inhibition de l'activité de la Rpp40. L'alsterpaullone cible le cycle cellulaire en inhibant les kinases cycline-dépendantes, ce qui entraîne des altérations potentielles dans le traitement et la maturation de l'ARN ribosomique, activités essentielles à la fonction de Rpp40. L'actinomycine D se lie directement à l'ADN, empêchant la transcription de l'ARN, que Rpp40 traite. L'harringtonine et l'homoharringtonine perturbent la biosynthèse des protéines pendant l'élongation de la traduction et l'établissement de la chaîne peptidique initiale, respectivement. Cette perturbation peut entraîner une réduction de la disponibilité des protéines nécessaires à la fonction de la Rpp40 ou à ses processus de régulation, inhibant ainsi l'activité de la protéine. Le pladiénolide B se lie au complexe SF3b, inhibant l'épissage, ce qui peut perturber le traitement et la maturation du pré-ARN impliquant Rpp40.
En outre, le silvestrol et le rocaglamide, tous deux inhibiteurs de l'eIF4A, réduisent la synthèse des protéines, qui pourraient inclure celles qui interagissent avec Rpp40 ou le régulent. Le CX-5461 inhibe l'ARN polymérase I, réduisant la synthèse de l'ARN ribosomique, ce qui inhibe probablement la fonction de Rpp40 étant donné son rôle dans le traitement de l'ARNr. Le triptolide diminue les niveaux d'ARN et de protéines en inhibant l'ARN polymérase II, réduisant ainsi les substrats nécessaires à l'activité ribonucléasique de Rpp40. La tunicamycine inhibe la glycosylation liée à l'azote, affectant les protéines et les voies qui peuvent réguler Rpp40. Le mycalamide A inhibe la synthèse globale des protéines, ce qui peut entraîner une réduction des protéines que Rpp40 traite ou qui régulent son activité. Enfin, le cycloheximide interfère avec l'étape de translocation dans la synthèse des protéines, ce qui inhiberait la fonction de Rpp40 en limitant la disponibilité des protéines qui interagissent ou qui régulent son activité. Chaque produit chimique, par son mode d'action unique, conduit finalement à une inhibition du rôle de Rpp40 dans le traitement de l'ARN.
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