Gli inibitori chimici di RFX3 possono colpire diverse vie di segnalazione che sono fondamentali per la sua attività funzionale. La staurosporina, un inibitore non selettivo delle protein-chinasi, può inibire RFX3 interferendo con gli eventi di fosforilazione necessari per la sua attività. Analogamente, LY294002 e Wortmannin sono entrambi inibitori della PI3K, un attore chiave in molteplici vie di segnalazione, comprese quelle che regolano i fattori di trascrizione. Inibendo PI3K, queste sostanze chimiche possono ridurre l'attivazione dei bersagli a valle necessari per l'attività di RFX3, portando di fatto alla sua inibizione funzionale. PD 98059 e U0126 sono inibitori di MEK, un regolatore a monte della via MAPK/ERK. Impedendo a MEK di attivare ERK, questi inibitori interrompono la fosforilazione e l'attivazione di ERK, necessarie per la funzione di RFX3. SP600125, un inibitore di JNK, e SB203580, un inibitore di p38 MAP chinasi, hanno entrambi come bersaglio chinasi coinvolte nella segnalazione di stress e citochine; la loro inibizione può interrompere le vie di regolazione che controllano l'attività di RFX3.
Go6983 e GF109203X, entrambi inibitori della protein chinasi C (PKC), insieme a BIM-1, possono impedire i processi di fosforilazione mediati da PKC che contribuiscono all'attività di RFX3. SL327, un altro inibitore di MEK, funziona in modo simile a PD 98059 e U0126 impedendo l'attivazione di ERK, ostacolando così l'attività fosforilazione-dipendente di RFX3. Infine, H-89 ha come bersaglio la protein chinasi A (PKA), che fosforila varie proteine, compresi i fattori di trascrizione. Inibendo la PKA, H-89 interrompe i processi di regolazione che sono essenziali per l'attività funzionale di RFX3.
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