RFC3阻害剤と呼ばれる化学物質のクラスには、複製因子C複合体のRFC3サブユニットを直接阻害するか、関連経路の調節を通して間接的にその機能を阻害する薬剤が含まれる。RFC3を特異的に標的とする直接的な阻害剤は文書化されておらず、またその特徴も明らかにされていないため、DNA複製や修復などRFC3が関与する細胞プロセスの操作による間接的な阻害に焦点が当てられている。
RFC3阻害剤はDNA合成と修復を阻害する。これらのプロセスを阻害することで、細胞に複製ストレスを与え、その結果、複製装置の組み立てに重要な構成要素であるRFC3の正常な機能に影響を及ぼす可能性がある。DNA損傷を誘発する阻害剤は、DNAに損傷を生じさせることによって複製ストレスに拍車をかけ、その間にRFC3が重要な役割を果たす複製機構による修復プロセスを必要とする。さらに、阻害剤はPARPを阻害することによってDNAの一本鎖切断の修復を損ない、複製フォークの崩壊を引き起こす可能性がある。ゲムシタビンやフルダラビンのようなヌクレオシドアナログは、複製中にDNAに取り込まれ、鎖の終結とそれに続くRFC3が関与する複製過程への挑戦につながる。UCN-01が細胞周期を制御するキナーゼを阻害することで、複製のタイミングと進行が変化し、DNA合成を調整するRFC3の機能に間接的に影響を及ぼす可能性がある。ブレフェルジンAは、主に膜輸送に影響を与えるが、間接的にDNA複製とRFC3のような複製因子の機能に影響を与える細胞環境をもたらす可能性もある。
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