Os inibidores químicos do RER1 funcionam através de vários mecanismos para perturbar o papel da proteína no controlo da qualidade das proteínas integrais da membrana e na recuperação das proteínas residentes no retículo endoplasmático (RE). A brefeldina A inibe diretamente a RER1 ao desmantelar a estrutura do aparelho de Golgi, que é crucial para o funcionamento da RER1. A monensina altera o pH nos compartimentos do Golgi, afectando assim a capacidade do RER1 para separar e traficar proteínas. A tunicamicina inibe a glicosilação ligada à N, um processo indiretamente ligado ao RER1, levando a uma acumulação de glicoproteínas mal dobradas e a um aumento do stress do ER que pode sobrecarregar a funcionalidade do RER1. A castanospermina e a desoxinojirimicina têm como alvo as glucosidases I e II, enzimas essenciais para a dobragem das glicoproteínas. A sua inibição aumenta o stress do RE e pode sobrecarregar a capacidade do RER1 de manter o controlo da qualidade das proteínas, levando à sua inibição funcional. A swainsonina impede a manosidase II, afectando o processamento de N-glicanos no Golgi e potencialmente sobrecarregando o sistema de controlo de qualidade do RER1 devido a glicoproteínas mal dobradas.
A kifunensina tem como alvo a manosidase I no ER, criando um atraso no sistema de controlo de qualidade das proteínas, inibindo indiretamente o RER1. O derivado de iminosugar N-(n-Nonil)deoxinojirimicina também inibe as glucosidases, conduzindo a uma acumulação de glicoproteínas desdobradas ou mal dobradas, o que provoca tensão no RE e na função de triagem do RER1. O Nocodazole e a Colchicina perturbam a dinâmica dos microtúbulos, essencial para o tráfico intracelular, afectando indiretamente a função do RER1 na triagem e recuperação de proteínas. A citocalasina D actua na polimerização da actina, crucial para o movimento das vesículas, afectando potencialmente os processos de tráfico associados ao RER1. Por último, o Dynasore inibe a GTPase dynamin, responsável pela cisão de vesículas das membranas, o que pode levar a uma redução do tráfico vesicular, inibindo indiretamente a função do RER1 na separação de proteínas entre o Golgi e o ER. Cada uma destas substâncias químicas, ao alterar mecanismos celulares específicos, pode impedir a função do RER1, realçando o seu papel central no controlo da qualidade das proteínas celulares e nas vias de tráfico.
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