Os inibidores químicos da piridoxal quinase incluem um conjunto diversificado de compostos que interferem com a atividade da enzima através de vários mecanismos bioquímicos. O gossipol pode inibir a atividade das enzimas desidrogenase, que são cruciais para manter os níveis de co-fator que a piridoxal quinase requer para a fosforilação da vitamina B6. Esta ação diminui a capacidade da enzima para converter a vitamina B6 na sua forma fosfatada ativa. Do mesmo modo, a inibição da proteína transportadora de enoil-acilo redutase pelo triclosan tem impacto na síntese de ácidos gordos, que é necessária para manter o ambiente lipídico essencial para o funcionamento ótimo da piridoxal quinase, inibindo assim a enzima. O cloreto de difenileneiodónio interfere com as cadeias de transporte de electrões, reduzindo a energia metabólica de que a piridoxal quinase necessita para catalisar as reacções de fosforilação.
Além disso, o metotrexato inibe indiretamente a piridoxal quinase ao ter como alvo a di-hidrofolato redutase, o que resulta em níveis reduzidos de folato e tem impacto no metabolismo dos aminoácidos, no qual a piridoxal quinase é um interveniente fundamental. A inibição da timidilato sintase pelo 5-fluorouracil perturba o metabolismo da pirimidina, o que, por sua vez, pode reduzir a reserva de nucleótidos necessária para as reacções de fosforilação realizadas pela piridoxal quinase. A inibição da aldeído desidrogenase pelo dissulfiram leva a uma acumulação de aldeídos que se podem ligar ao piridoxal, o substrato da piridoxal quinase, dificultando assim a função da enzima. O clotrimazol inibe as enzimas do citocromo P450 e pode afetar a síntese de moléculas necessárias para estabilizar a estrutura da piridoxal quinase, levando à inibição. O sorafenib, embora seja conhecido principalmente por ter como alvo outras quinases, pode inibir a piridoxal quinase reduzindo o pool de ATP disponível para fosforilação ou causando impedimento estérico. A genisteína, um inibidor da tirosina quinase, pode inibir os locais de ligação do ATP nas cinases, incluindo potencialmente os da piridoxal quinase, impedindo assim a sua atividade. O alopurinol inibe a xantina oxidase, o que pode afetar os níveis de ATP e, consequentemente, a atividade da piridoxal quinase. O ortovanadato de sódio, um inibidor da fosfatase, pode impedir os processos de desfosforilação necessários para fornecer grupos fosfato livres para a ação da piridoxal quinase. Por último, o imatinib pode ligar-se de forma não selectiva ao local de ligação do ATP da piridoxal quinase, inibindo a sua capacidade de fosforilar a vitamina B6 por competição com o substrato ATP.
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