Chemische Inhibitoren von Ptpn23 können auf verschiedene Kinasen und Signalwege abzielen, die indirekt an der funktionellen Rolle des Proteins bei der Dephosphorylierung beteiligt sind. Staurosporin, ein bekannter Proteinkinaseinhibitor, kann Kinasen hemmen, die für die Phosphorylierung von Substraten verantwortlich sind, auf die Ptpn23 einwirken kann, und so den zellulären Pool an phosphorylierten Proteinen verringern, die Ptpn23 für die Dephosphorylierung zur Verfügung stehen. In ähnlicher Weise hemmt Bisindolylmaleimid I die Proteinkinase C, was zu einem Rückgang der Substratphosphorylierung und folglich zu einer geringeren Beteiligung von Ptpn23 an Signaltransduktionswegen führt. LY294002 und Wortmannin, beides Phosphoinositid-3-Kinase-Inhibitoren, können die Produktion von Phosphatidylinositol-(3,4,5)-Trisphosphat (PIP3) und die Aktivierung von AKT vermindern, was zu einer Verringerung der AKT-vermittelten Phosphorylierung von Proteinen führt, die von Ptpn23 dephosphoryliert werden könnten. PP2, ein Kinaseinhibitor der Src-Familie, und Dasatinib, ein Tyrosinkinaseinhibitor mit breitem Wirkungsspektrum, können die Phosphorylierungsniveaus von Tyrosinresten an verschiedenen Proteinen verringern und so die Interaktion zwischen diesen Substraten und Ptpn23 reduzieren.
Zusätzlich zu diesen Kinase-Inhibitoren gibt es mehrere Chemikalien, die auf spezifische Komponenten des MAPK-Signalwegs abzielen. U0126 und PD98059 sind beides MEK-Inhibitoren, die die Aktivierung von ERK reduzieren und folglich die Phosphorylierung von ERK-Substraten einschränken können, die möglicherweise durch Ptpn23 dephosphoryliert werden. SB203580, ein p38-MAP-Kinase-Inhibitor, und SP600125, ein JNK-Inhibitor, wirken ähnlich, indem sie die Phosphorylierung von Proteinen hemmen, die an der Stressreaktion und anderen zellulären Prozessen beteiligt sind und ansonsten mit Ptpn23 interagieren könnten. Triptolid, ein Inhibitor von Transkriptionsfaktoren, kann zu einer Verringerung von Proteinen führen, die eine Dephosphorylierung durch Ptpn23 erfordern, und dadurch die funktionelle Rolle von Ptpn23 beeinträchtigen, indem es seine Substratverfügbarkeit einschränkt. Schließlich kann Gefitinib, ein EGFR-Inhibitor, die durch die EGFR-Aktivierung ausgelösten nachgeschalteten Phosphorylierungsvorgänge einschränken und damit letztlich den Pool der Proteine verringern, die Ptpn23 in der Signaltransduktionskaskade dephosphorylieren könnte. Jede Chemikalie kann durch die Beeinflussung bestimmter Kinasen oder Signalwege die Substratlandschaft und die funktionelle Rolle von Ptpn23 in zellulären Signalnetzwerken verändern.
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