Os inibidores químicos da PTGES3L-AARSD1 podem perturbar a sua função através de uma série de mecanismos, principalmente interferindo com as vias de dobragem e degradação das proteínas na célula. A tricostatina A, como inibidor da histona desacetilase, pode afetar o estado de acetilação das histonas, o que, por sua vez, tem impacto na atividade de chaperona da PTGES3L-AARSD1. Isto deve-se ao facto de a modificação das histonas poder influenciar o ambiente de dobragem das proteínas, conduzindo potencialmente a uma inibição das funções de chaperona da PTGES3L-AARSD1. Do mesmo modo, a geldanamicina e o seu análogo 17-AAG têm como alvo a proteína chaperona Hsp90, comprometendo a sua função. Uma vez que se sugere que a PTGES3L-AARSD1 tem um domínio semelhante ao da chaperona, a inibição da Hsp90 pode desestabilizar as proteínas clientes e perturbar o processo de dobragem de proteínas em que a PTGES3L-AARSD1 pode estar envolvida. Tanto a withaferina A como o celastrol inibem o proteassoma, o que pode levar à acumulação de proteínas mal dobradas, sobrecarregando assim a maquinaria celular de dobragem de proteínas e inibindo indiretamente a função da PTGES3L-AARSD1.
Para agravar ainda mais a pressão sobre a atividade de chaperona da PTGES3L-AARSD1, o MG-132 e a epoxomicina, ambos inibidores do proteassoma, provocam uma acumulação de proteínas ubiquitinadas, o que pode perturbar a proteostase celular. Este facto pode sobrecarregar a capacidade do PTGES3L-AARSD1 para lidar com proteínas mal dobradas. O bortezomib, outro inibidor do proteassoma, prejudica a via de degradação das proteínas mal dobradas, o que pode resultar num aumento da carga sobre a PTGES3L-AARSD1. A concanamicina A perturba o tráfico de proteínas através da inibição da V-ATPase, conduzindo a um aumento das proteínas mal dobradas que podem inibir indiretamente a PTGES3L-AARSD1. A lactacistina, tal como outros inibidores do proteassoma, também contribui para a inibição funcional da PTGES3L-AARSD1 ao impedir a degradação das proteínas mal dobradas. Por último, a puromicina perturba a síntese proteica, o que pode levar a um aumento da carga sobre a maquinaria de dobragem proteica da célula, incluindo a PTGES3L-AARSD1, causando uma acumulação de proteínas que não foram corretamente sintetizadas e dobradas.
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