Chemische Inhibitoren von POM121L2 stören die Funktion des Proteins durch verschiedene Mechanismen, die den nukleozytoplasmatischen Transport behindern, indem sie den Kernporenkomplex beeinträchtigen, in dem POM121L2 residiert. Brefeldin A zielt beispielsweise auf den Vesikeltransport ab, indem es den ADP-Ribosylierungsfaktor hemmt, einen Prozess, der für die Aufrechterhaltung und Lokalisierung von POM121L2 innerhalb des Kernporenkomplexes wesentlich ist. In ähnlicher Weise behindert Leptomycin B den Kernexport von Proteinen, indem es das Exportin 1 (CRM1) hemmt und damit indirekt die Rolle von POM121L2 im Kernexportsystem beeinträchtigt. Die Hemmung der Myosin Light Chain Kinase (MLCK) durch ML-7 und die sich daraus ergebenden Auswirkungen auf die Dynamik des Zytoskeletts können die strukturelle Organisation der Kernhülle und folglich die Verteilung und Funktion von POM121L2 verändern.
Paclitaxel und Nocodazol üben ihre Wirkung aus, indem sie die Stabilität der Mikrotubuli modulieren, die für die Aufrechterhaltung der Kernform und das ordnungsgemäße Funktionieren der Kernporen, zu denen POM121L2 gehört, entscheidend ist. Paclitaxel stabilisiert die Mikrotubuli, was zu einer veränderten Steifigkeit des Kerns und der Funktionalität der Poren führen kann, während Nocodazol die Mikrotubuli durch Hemmung ihrer Polymerisation unterbricht, was zu Anomalien der Kernhülle führen kann, die die Funktion von POM121L2 beeinträchtigen. Aktin-zerstörende Wirkstoffe wie Latrunculin A, Jasplakinolid, Swinholid A und Cytochalasin D wirken sich auf das Aktin-Zytoskelett aus, das die Integrität des Kerns und die Positionierung der Kernporen unterstützt. Latrunculin A und Cytochalasin D binden an Aktinmonomere und hemmen die Polymerisation, wodurch möglicherweise Kernporenkomplexe, die POM121L2 enthalten, gestört werden. Umgekehrt stabilisieren Jasplakinolid und Swinholid A Aktinfilamente bzw. spalten sie ab, was zu potenziellen Störungen der Kernmorphologie führt, die die Funktion von POM121L2 beeinträchtigen. Colchicin und Vinblastin, beides Tubulin-bindende Wirkstoffe, verhindern die Mikrotubuli-Polymerisation, was möglicherweise zu einer Beeinträchtigung der Kernstruktur und der Verteilung der Kernporenkomplexe führt und sich somit auf POM121L2 auswirkt. Schließlich kann Withaferin A, das auf Annexin II abzielt, zu einer veränderten Kernmembrandynamik führen, wodurch die Funktion von POM121L2 weiter beeinträchtigt wird.
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