POLR2Lは、その活性化につながる一連の細胞内イベントを開始することができる。A23187やイオノマイシンなどの化合物はカルシウムイオノフォアとして機能し、細胞内へのカルシウムイオンの流入を促進する。細胞内カルシウム濃度の上昇は、その活性のためにカルシウムイオンを必要とする酵素やタンパク質に直接的な影響を及ぼす可能性がある。POLR2LはRNAポリメラーゼIIのサブユニットであり、その最適な機能にはカルシウムが必要であるため、これらのイオントフォアは転写プロセスにおけるPOLR2Lの役割を高めることができる。一方、フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)は、RNAポリメラーゼIIのC末端ドメイン(CTD)をリン酸化することで知られるプロテインキナーゼC(PKC)を活性化する。このリン酸化イベントは、転写の開始および伸長段階において重要であり、POLR2Lを活性化する。フォルスコリンは異なるメカニズムで作用し、アデニル酸シクラーゼを刺激してサイクリックAMP(cAMP)レベルを上昇させる。cAMPの上昇はプロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、PKAはRNAポリメラーゼII複合体の一部としてPOLR2Lと協同で働く転写因子をリン酸化し、活性化することができる。
オカダ酸、カンタリジン、カリクリンAなどのタンパク質リン酸化酵素の阻害剤は、RNAポリメラーゼIIのCTDの脱リン酸化を防ぐことにより、POLR2Lを活性化状態に維持する。CTDの持続的なリン酸化はPOLR2Lを活性化し、転写伸長過程に関与させる。ブレフェルジンAは、ゴルジ装置の破壊を通して間接的にPOLR2Lに影響を与え、転写活性を高める細胞ストレス応答を引き起こす。MG-132の役割はプロテアソームを阻害することで、RNAポリメラーゼIIの活性を制御するタンパク質の分解を防ぎ、それによってPOLR2Lの活性化をサポートする。トリコスタチンAや酪酸ナトリウムのようなヒストン脱アセチル化酵素阻害剤の作用は、ヒストンのアセチル化を促進することにより、クロマチン構造をより弛緩させることである。この弛緩した構造により、RNAポリメラーゼII複合体の一部であるPOLR2Lが、転写のためにDNAによりよくアクセスできるようになる。最後に、5-アザシチジンはRNAとDNAに取り込まれることにより、DNAのメチル化パターンに変化をもたらし、遺伝子発現プロファイルを変化させ、複雑な転写機構を通して間接的にPOLR2Lの活性を変化させる。
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