Gli inibitori di PHF21A, come elencati, si concentrano principalmente sulla modulazione dei meccanismi epigenetici e della struttura della cromatina. Questi inibitori non hanno come bersaglio diretto PHF21A, ma agiscono su processi e vie cellulari che potrebbero influenzare indirettamente la funzione di PHF21A o i suoi effetti a valle. Gli inibitori citati sono prevalentemente inibitori dell'istone deacetilasi (HDAC), come Vorinostat, Tricostatina A, Panobinostat, Romidepsin, Entinostat, Quisinostat e Belinostat. Gli inibitori HDAC funzionano impedendo la rimozione dei gruppi acetilici dalle proteine istoniche, determinando una struttura cromatinica più aperta e spesso un aumento dell'espressione genica. Poiché PHF21A è coinvolto nel rimodellamento della cromatina, la modifica dello stato di acetilazione degli istoni può influenzare indirettamente le regioni genomiche in cui PHF21A potrebbe esercitare i suoi effetti.
Altri inibitori hanno come bersaglio i processi di metilazione del DNA. Composti come la 5-azacitidina e la decitabina sono inibitori delle DNA metiltransferasi. Inibendo questi enzimi, causano l'ipometilazione del DNA, alterando potenzialmente i modelli di espressione genica. Questo cambiamento può influenzare indirettamente la funzione o la regolazione dei geni associati all'attività di PHF21A. Una classe separata di inibitori ha come bersaglio l'enhancer of zeste homolog 2 (EZH2), parte del complesso repressivo di Polycomb 2 (PRC2), che è coinvolto nella metilazione degli istoni. Inibitori come Tazemetostat, GSK126 e CPI-1205 inibiscono EZH2, portando a un'alterazione della metilazione degli istoni e a conseguenti cambiamenti nell'espressione genica. Queste modifiche possono avere un impatto indiretto sulle reti di regolazione in cui è coinvolto PHF21A.
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