Chemische Inhibitoren von OBFC2B können ihre hemmende Wirkung durch Interferenz mit DNA-Replikations- und Reparaturprozessen entfalten, bei denen OBFC2B eine Schlüsselrolle spielt. Aphidicolin wirkt auf die DNA-Polymerase, ein wichtiges Enzym für die DNA-Replikation. Da OBFC2B an der Stabilisierung der Replikationsgabeln beteiligt ist, kann die Hemmung der DNA-Polymerase die funktionelle Rolle des Proteins untergraben, indem sie den Replikationsprozess behindert, den es eigentlich schützen soll. In ähnlicher Weise verhindern Etoposid und Mitoxantron durch die Stabilisierung des DNA-Topoisomerase-II-Komplexes in einem abnormen Zustand bzw. durch die Interkalation in die DNA die Ligation von DNA-Strängen und fördern DNA-Brüche. Diese Anhäufung von DNA-Schäden schränkt indirekt die Funktion von OBFC2B bei der DNA-Reparatur ein, da das Protein durch den erhöhten Bedarf an Reparaturmechanismen überfordert ist. Camptothecin und Topotecan, beides Topoisomerase-I-Inhibitoren, führen zu DNA-Schäden während der Replikation und Transkription und belasten die DNA-Reparaturmaschinerie, an der OBFC2B beteiligt ist, zusätzlich.
Actinomycin D verhindert durch Bindung an die DNA die RNA-Synthese und hemmt damit indirekt die Bildung des Nukleoproteinkomplexes, der für die Rolle von OBFC2B bei der DNA-Stabilität wesentlich ist. Amsacrin, Daunorubicin und Doxorubicin wirken alle als Topoisomerase-II-Inhibitoren, die die DNA-Synthese und -Funktion stören, was zu einer indirekten Hemmung der DNA-Reparatur- und Replikationsaktivitäten von OBFC2B führt. Bleomycin führt durch die Bildung freier Radikale zu DNA-Strangbrüchen, wodurch der Pool an DNA-Schäden, die OBFC2B verarbeiten muss, vergrößert wird und seine Funktion beeinträchtigt wird. Hydroxyharnstoff untergräbt die Aktivität von OBFC2B, indem er den Pool an Desoxyribonukleotiden, die für die DNA-Synthese erforderlich sind, verringert und damit indirekt die Beteiligung des Proteins an der DNA-Replikation beeinträchtigt. Teniposid hemmt wie Etoposid die Topoisomerase II, verschlimmert die DNA-Schäden und hemmt damit indirekt die DNA-Reparatur- und Stabilisierungsfunktionen von OBFC2B, indem es ein Übermaß an DNA-Läsionen verursacht, die OBFC2B nicht effizient reparieren kann.
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