アデニルシクラーゼ活性化剤として知られるフォルスコリンと、ホスホジエステラーゼ阻害剤であるIBMXは、ともに細胞内のサイクリックAMPレベルを上昇させ、その結果プロテインキナーゼA(PKA)が活性化される。そしてPKAはNUDT16L1をリン酸化し、その活性を変化させる可能性がある。シルデナフィルやジブチリルcAMPのような他の環状ヌクレオチド調節薬も、cAMPやcGMPを増加させることで同様に作用し、NUDT16L1に影響を及ぼすPKAやPKGを介したリン酸化事象を引き起こす可能性がある。イオノマイシンやA23187のようなカルシウムシグナル調節剤は、細胞内カルシウム濃度を直接上昇させ、カルシウム依存性キナーゼを活性化することができ、これらのキナーゼはNUDT16L1を基質とする可能性がある。
プロテインキナーゼC(PKC)の強力な活性化因子であるPMAや、幅広いキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンも、リン酸化の変化とそれに続くNUDT16L1活性の調節につながる可能性がある。別の経路では、それぞれPI3KとMEKの阻害剤であるLY294002とU0126が、PI3K-AktとMAPKシグナル伝達経路への影響を通して間接的にNUDT16L1に影響を与える可能性がある。これらの経路は複雑で、しばしばNUDT16L1が関与するかもしれない代償的なリン酸化事象をもたらす。エピガロカテキンガレート(EGCG)やレスベラトロールのような化合物は、細胞内シグナル伝達や遺伝子発現に幅広く作用することで知られており、関連する経路やタンパク質相互作用を調節することでNUDT16L1の機能を変化させる可能性がある。
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