NUDT12の阻害剤は、その基質やヌクレオチド代謝に関与する中間体の細胞内での利用可能性に影響を与えることによって機能する。例えば、キサンチンオキシダーゼやジヒドロ葉酸還元酵素の活性を阻害するある種の化合物は、プリンヌクレオチドの細胞内濃度を著しく低下させる。NUDT12は機能するためにこれらのプリンヌクレオチドを基質として必要とするので、その活性は間接的に低下する。同様に、核酸合成や修復を阻害するヌクレオチドのアナログやアンタゴニストは、NUDT12活性に必要なヌクレオチドのプールを減少させ、機能阻害につながる。イノシン一リン酸デヒドロゲナーゼやリボヌクレオチド還元酵素のような酵素を特異的に標的とする薬剤も、NUDT12の触媒作用に重要なグアニンとデオキシリボヌクレオチド三リン酸の枯渇をそれぞれもたらす。
化合物がプリンおよびピリミジンヌクレオチドのデノボ合成を阻害すると、NUDT12に対するさらなる阻害作用が観察される。NUDT12の天然基質を模倣することによって、ある種の阻害剤はDNA鎖に取り込まれ、その結果、NUDT12の利用可能な基質が減少し、間接的にその機能を損なう。さらに、アデノシンデアミナーゼに作用する阻害剤は、細胞に対して毒性があるだけでなく、NUDT12の触媒効率にも影響を及ぼす可能性のある特定のヌクレオチドの蓄積をもたらす。
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