NSUN3阻害剤は、化学的分類としては、ミトコンドリアのtRNAメチル化の中心である酵素のRNAメチル化酵素活性を阻害することに主眼を置いている。特にミトコンドリア機能におけるRNAメチル化の特異性と重要性を考慮すると、NSUN3を標的とするには、他の細胞プロセスに不注意な影響を与えることなく、望ましい阻害効果を確実に達成するための微妙なアプローチが必要となる。このカテゴリーに属する阻害剤の多くは、RNAメチル化プロセスを直接的あるいは間接的に阻害する。
5-アザシチジン、デシタビン、RG108など、このクラスの化学物質のかなりの部分は、RNAやDNAに取り込まれるシトシンやアデノシンの類似体である。そのため、NSUN3の機能に間接的な影響を与える。シネフンギンのように、結合部位を競合させることでメチル基転移酵素の作用を直接標的とし、酵素が標的をメチル化する能力を効果的に低下させるものもある。もう一つの戦略は、関連経路の阻害である。例えば、3-Deazaneplanocin Aとその類似体であるDZNEPは、メチル基転移の重要な構成要素であるS-アデノシルホモシステインヒドロラーゼに影響を与えることにより、メチル化プロセスを阻害する。
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