Os inibidores químicos da NKAP podem perturbar a função da proteína através de vários mecanismos, principalmente interferindo com o seu papel na repressão dos genes e na interação com as histonas desacetilases (HDAC). A esturosporina, um inibidor da quinase, pode inibir a fosforilação de proteínas que interagem com a NKAP, interrompendo assim potencialmente o recrutamento de HDACs pela NKAP e a subsequente repressão dos genes alvo. Do mesmo modo, a tricostatina A, o ácido valpróico, o butirato de sódio, o vorinostato (ácido hidroxâmico de suberoilanilida), a romidepsina, o panobinostato, o belinostato, a chidamida, o entinostato (MS-275) e o givinostato, todos inibidores de HDAC, impedem que o NKAP exerça os seus efeitos repressivos sobre a transcrição dos genes. Estes inibidores mantêm as histonas num estado acetilado, contrariando o papel do NKAP na modificação da estrutura da cromatina para suprimir a expressão genética.
Além disso, o MG-132 actua como um inibidor do proteassoma, levando à acumulação de proteínas ubiquitinadas, o que pode afetar indiretamente o papel da NKAP no processo de ubiquitinação. Ao inibir o proteassoma, o MG-132 pode perturbar a degradação das proteínas que o NKAP visa para ubiquitinação, afectando assim as funções reguladoras do NKAP na renovação e estabilidade das proteínas. Estes inibidores químicos actuam coletivamente para inibir a função do NKAP, visando as vias e actividades enzimáticas em que o NKAP se baseia para modular a expressão genética e a estabilidade das proteínas, perturbando eficazmente os processos celulares em que o NKAP é um componente crítico.
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